siRNA——你不知道的那些小奥秘

小刀最近在准备11.3下午的讲座（名称：siRNA实验操作小技巧），这不整理不知道，一整理吓一跳。那句话怎么说来着？越是看习惯了的东西，便越是习焉不察，美丑都难看出。

你别看siRNA的身材小，其中蕴含的奥秘可一点也不少。那么，我们就一起走进siRNA，深度探讨19bp微观世界里的那些事儿。

我们知道脱靶效应自2003年发表以来，一直是限制siRNA特异性的关键因素，影响其在功能基因组学和疾病治疗领域的应用。因此，如何使siRNA在保持特异性的同时减少脱靶效应，是各大厂商共同努力的目标。Dharmacon siRNA创新性的叠加3种技术——SMARTselection™技术、SMARTpool®技术、ON-TARGETplus™双链修饰技术，全方面提升siRNA的表现性能，同时保证防脱靶效率>90%。

SMARTselection™特殊设计算法

1. 种子域频率分析：调整反义链种子域序列排布，生成低频种子域siRNA，从而减少miRNA-like脱靶效应

图1 siRNA序列在第1位、第8-19位碱基保持一致，仅改变第2-7位种子域序列

2. SMARTselection™筛选器：针对一个基因设计多对不同的siRNA，将验证得到的效果最优的4对siRNA投放到产品中，确保siRNA的功能性和特异性

图2 同一基因的4对siRNA靶向不同作用位点 创新性SMARTpool® 技术

1. 将4对siRNA等比例mix形成pool，有效降低单对siRNA引起的脱靶效应

2. 确保高水平的靶向基因沉默效率：保证每个基因提供的4对

siRNA中至少有3对有≥75%的靶基因沉默效率

图3 SMARTpool能有效减少单对siRNA引起的脱靶效因，同时保持高水平的靶向基因沉默

ON-TARGETplus™双链修饰技术 1. 全方面减少脱靶效应：

1） 正义链第1、2碱基处进行化学修饰，有效防止正义链进入RISC，降低正义链引起的脱靶效应

2） 反义链第2碱基处进行化学修饰，提高反义链判别能力，最大程度减少反义链脱靶

图4 脱靶效应主要由反义链种子域活动引起，单独修饰正义链无法减少脱靶效应，双链修饰可最大程度减少脱靶效应

2. 保证最优的靶向基因沉默效率：有效抑制miRNA-like作用，大幅提高siRNA的靶向敲低作用

图5 双链修饰抑制正义链活动，提高反义链判别能力

3. 抑制假阳性显型出现：有些siRNA会在短期实验中引起细胞生长抑制，从而影响靶向基因沉默效率，ON-TARGETplus™修饰能够有效减少生长抑制，同时保证靶向基因沉默效果

图6 在乳腺癌细胞系中研究沉默ARPC1B基因对细胞迁移的影响：均一地刮取单层细胞，评估细胞迁移愈合刮口的速度，未修饰的siRNA假阳性显型明显，而ON-TARGETplus™修饰能够有效抑制该现象

综上，Dharmacon siRNA可提供人、小鼠、大鼠全基因组范围内的预制siRNA，搭配SMARTselection™、SMARTpool®、ON-TARGETplus™三大技术，为大家带来更好的siRNA用户体验。