拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析

山东农业大学学报（自然科学版），２０１０，４１（２）：１６４—１６８　Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｓｈａｎｄｏｎｇ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｎａｔｕｒａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅ）　拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析　吴炳江，阎鹏磊，刘东篱，郑成超，杨国栋　（山东农业大学生命科学学院，作物生物学国家重点实验室，山东泰安２７１０１８）　摘要：本研究使用生物信息学方法分析了拟南芥盐胁迫响应的顺式作用元件。首先分析盐胁迫０．５　ｈ、１　ｈ的拟　南芥全基因组芯片，得到６２７个盐胁迫上调基因和２８２个下调基因。然后使用ＭＥＭＥ软件分析了盐胁迫响应基　因的启动子，得到１０个保守元件。通过显著性分布分析表明Ｍｏｔｉｆ＿ｌ＼Ｍｏｔｉｆ＿８＼Ｍｏｔｉｆ＿１０显著分布于上调基因启　动子中；Ｍｏｔｉｆ＿ｌ＼Ｍｏｔｉｆ＿１０显著不分布于盐胁迫下调基因启动子中。Ｍｏｔｉｆ一１元件是Ｇ—ｂｏｘ元件（ＡＢＲＥ（ＡＢＡ　Ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　Ｅｌｅｍｅｎｔ）元件），大量分布于盐胁迫上调基因启动子中，广泛参与盐胁迫过程中ＡＢＡ依赖的信号转导　途径。Ｍｏｔｉｆ一８、Ｍｏｔｉｆ一１０分别类似于ＡＢＲＥ元件和ＤＲＥ（Ｄｅｈｙｄｒａｔｉｏｎ—Ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　Ｅｌｅｍｅｎｔ）元件，但由于和　ＡＢＲＥ、ＤＲＥ元件的保守序列不尽相同，Ｍｏｔｉｆ＿８＼Ｍｏｔｉｆ＿１０很有可能是新的盐胁迫响应元件。本研究对于研究拟　南芥在盐胁迫应答过程中在转录水平上发生的调控过程具有重要帮助作用．　关键词：拟南芥；全基因组芯片；盐胁迫响应启动子　中图分类号：Ｑ　８１１．４　文献标识码：Ａ　文章编号：１０００—２３２４（２０１０）０２—０ｌ６４一Ｏ５　ＢＩｏｌ　’ｏＲＭＡＴｌＣＡＬ　ＡＮＡＬＹＳｌＳ　ｏ　’ＳＡＬｌＮｒｒＹ—ＲＥＳＰＵ　ＳｌＶＥ王，ＲｌＵＭＵ．１’ＥＲＳ　Ｄ　ＡＲＡＢⅡ）０ＰＳＩＳ　ＴＨＡＬＩＡＮＡ　ＷＵ　Ｂｉｎｇ—ｊｉａｎｇ，ＹＡＮ　Ｐｅｎｇ—ｌｅｉ，ＬＩＵ　Ｄｏｎｇ—ｌｉ，ＺＨＥＮＧ　Ｃｈｅｎｇ—ｃｈａｏ，ＹＡＮＧ　Ｇｕｏ—ｄｏｎｇ　（Ｃｏｌｌｅｄｇｅ　ｏｆ　Ｌｉｆｅ　Ｓｕｉｅｎｃｅ，Ｓｈａｎｇｄｏｎｇ　Ａ　ｗｈｕｒａｌ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｔａｔｅ　Ｋｅｙ　Ｌａｂｏｒａｍ　ｏｆ　Ｃｒｏｐ　Ｂｉｏｗｇｙ，Ｔａｉａｎ　２７１０１８，Ｃｈｉｎａ）　Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｓａｌｉｎｉｔｙ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｍｏｔｉｆｓ　ｗｅｒｅ　ａｎａｌｙｚｅｄ　ｗｉｔｈ　ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ　ｓｏｆｔｗａｒｅｓ　ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ．６２７　ｓａ－　ｌｉｎｉｔｙ　ｕｐ—ｒｅｇｕｌａｔｅｄ　ｇｅｎｅｓ　ａｎｄ　２８２　ｄｏｗｎ—ｒｅｇｕｌａｔｅｄ　ｇｅｎｅｓ　ｗｅｒｅ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ　ｄａｔａ　ａｂｏｕｔ　０．５　ｈ　ａｎｄ　１　ｈ　ｈｉｇｈ　ｓａｌｉｎｉｔｙ　ｓｔｒｅｓｓ　ｉｎ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．Ｔｈｅ　ｕｐｓｔｒｅａｍ　１０００ｂｐ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ　ｒｅｇｉｏｎｓ　ｏｆ　ａｌｌ　ｓａｌｉｎｉｔｙ—ｒｅｇｕｌａｔｅｄ　ｇｅｎｅｓ　ｒｅｔｒｉｅｖｅｄ　ｆｒｏｍ　ＴＡＩＲ　ｗｅｒｅ　ｕｓｅｄ　ｆｏｒ　ｆｉｎｄｉｎｇ　ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ　ｍｏｔｉｆｓ　ｂｙ　ＭＥＭＥ　ｓｏｆｔｗａｒｅ　ａｎｄ　１０　ｐｕｔａｔｉｖｅ　ｓｕｃｈ　ｍｏｔｉｆｓ　ｗｅｒｅ　ｉｄｅｎｔｉｉｅｄ．Ｍｏｔｉｆｆ　１　ｗａｓ　ｉｎｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　ａｓ　ａ　Ｇ—ｂｏｘ　ｅｌｅｍｅｎｔ，ｗｈｉｃｈ　ｉｓ　ｏｎｅ　ｏｆ　ｔｈｅ　ＡＢＡ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｅｌｅｍｅｎｔｓ　ｔｈａｔ　ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ　ｉｎ　ＡＢＡ—ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｕｎｄｅｒ　ａｂｉｏｔｉｃ　ｓｔｒｅｓｓ，ａｎｄ　ｏｖｅｒｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ　ｉｎ　ｓａｌｉｎｉｔｙ　ｕｐ—ｒｅｇｕｌａｔｅｄ　ｐｒｏｍｏｔｅｒｓ．Ｍｏｔｉｆ８　ａｎｄ　Ｍｏｔｉｆ１０　ｗｅｒｅ　ａｌｓｏ　ｏｖｅｒｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ　ｉｎ　ｓａｌｉｎｉｔｙ　ｕｐ—ｒｅｇｕｌａｔｅｄ　ｐｒｏｍｏｔｅｒｓ，ａｎｄ　ｔｈｅ　ｃｏｎ—　＿＿ｓｅｒｖｅｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅｓｅ　ｔｗｏ　ｍｏｔｉｆｓ　ｗｅｒｅ　ｓｉｍｉｌａｒ　ｔｏ　ＡＢＲＥ　ａｎｄ　ＤＲＥ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｓｉｎｃｅ　ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ＡＢＲＥ　ａｎｄ　ＤＲＥ　ａｒｅ　ｎｏｔ　ｐｒｅｓｅｎｔ　ｉｎ　Ｍｏｔｉｆ８　ａｎｄ　Ｍｏｔｉｆ１　０，ｔｈｅ　ｔｗｏ　ｍｏｔｉｆｓ　ｍｉｇｈｔ　ｂｅ　ｎｅｗ　ｓａｌｉｎｉｔｙ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｅｌｅ—　＿＿ｍｅｎｔｓ．Ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ　ｗｉｌｌ　ｈｅｌｐ　ｓｔｕｄｙｉｎｇ　ｔｈｅ　ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ　ｐｒｏｃｅｓｓ　ｉｎ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ　ｌｅｖｅｌ　ｄｕｒｉｎｇ　ｔｈｅ　ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ　ｔｏ　ｓａｌｔ　ｓｔｒｅｓｓ　ｉｎ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．　Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ；ｇｅｎｏｍｉｃ　ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ；ｓａｌｉｎｉｔｙ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ　１材料与方法　１．１数据来源　本研究使用的拟南芥盐胁迫基因芯片数据来源于ＴＡＩＲ（ＷＷＷ．ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．ｏｒｇ）网站的Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ　ＣＥＬ　文件（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　ｎｕｍｂｅｒ：ＭＥ００３２８）；启动子上游ｌＯ００ｂｐ序列数据来自ＴＡＩＲ８一ｕｐｓｔｒｅａｍ一１０００数据库（ｒｅ—　ｌｅａｓｅ　８．０，Ｆｅｂｒｕａｒｙ　２００８）。　收稿日期：２００９—０８—１９　作者简介：吴炳江（１９８９一），本科生，ＳＲＴ项目组成员。　通讯作者：Ａｕｔｈｏｒ　ｆｏｒ　ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｅｎｃｅ．Ｅ—ｍａｉｌ：ｇｄｙａｎｇ＠ｓｄａｕ．ｅｄｕ．ｃｎ　第２期　吴炳江等：拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析　・１６５・　１．２分析工具　。　本研究使用的生物信息学软件有ＧＥＮＥＳＰＲＩＮＧ（ｗｗｗ．ｃｈｅｍ．ａｇｉｌｅｎｔ．ｃｏｒｎ）；ＭＥＭＥ（ｗｗｗ．ｍｅｍｅ．ｓｄｓｃ．　ｅｄｕ）；ＥＭＢＯＳＳ软件包（＂ＷＷ￣Ｖ．ｅｍｂｏｓｓ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ）等。元件功能分析使用的分析工具有ＰＬＡＣＥ数据　库（ｗｗｗ．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ＰＬＡＣＥ／）等。　１．３　根据拟南芥全基因组芯片得到拟南芥与盐胁迫响应的基因　对于拟南芥全基因组基因芯片数据，我们分析了盐胁迫处理Ｏｈ（对照）、０．５　ｈ和１　ｈ的芯片数据。我　们参照Ｊｏａｃｈｉｍ　Ｋｉｌｉａｎ等人的方法¨ｊ，利用Ｇｅｎｅｓｐｒｉｎｇ软件（ｖｅｒｓｉｏｎ　９．０５），得到的拟南芥盐胁迫响应的基　因。然后去除这些基因中的假基因、转座子元件相关基因、编码ＲＮＡ的基因、叶绿体基因和线粒体基因。　我们得到上调基因６２７个（上调组）、下调基因２８２个（下调组）。然后从ＴＡＩＲ网站上得到这些基因转录　起始位点上游１０００　ｂｐ的序列用于保守元件的分析。　１．４用ＭＥＭＥ软件分析保守元件　ＭＥＭＥ软件是目前使用最广的一种保守元件分析方法，参照Ｃａｒｌｏｓ　Ｍｏｌｉｎａ　’　等人的分析方法，使用　ＭＥＭＥ（ｖｅｒｓｉｏｎ　４．１．０）分析软件分别处理了上调、下调组的启动子序列。从每一组中根据Ｅ值得分得到　１Ｏ个保守元件的序列及分布等相关信息。　１．５　分析元件的显著性分布以及利用元件数据库分析元件功能　使用ＥＭＢＯＳＳ软件包（ＷＷＷ．ｅｍｂｏｓｓ．ｓｏｕｒｃｅｆｏｒｇｅ．ｎｅｔ）中的ｐｒｏｆｉｔ、ｐｒｏｐｈｅｃｙ和ｓｈｕｆｉｅｓｅｑ软件对得到的　ｆ结果显著性分布进行分析　Ｊ。将ＭＥＭＥ得到的这些保守元件提交到ＰＬＡＣＥ数据库在线启动子分析数据　库中，得到了这些保守元件功能的相关信息。最后，将得到的分析结果进行整理。　２结果与分析　２．１从盐胁迫响应启动子中寻找保守元件　ＭＥＭＥ（Ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ＥＭ　ｆｏｒ　Ｍｏｔｉｆ　Ｅｌｉｃｉｔａｔｉｏｎ）是使用最广泛的保守元件分析软件之一。”　。从一组ＤＮＡ序　列中发现比较短的保守元件是一件十分困难的事，ＤＮＡ序列越多就越困难。为了减少简单重复序列的干　扰，我们使用ＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒ程序忽略掉这些简单的重复序列（Ａ．Ｓｍｉｔ，Ｒ．Ｈｕｂｌｅｙ　ａｎｄ　Ｐ．Ｇｒｅｅｎ，ｕｎｐｕｂ－　ｌｉｓｈｅｄ　ｄａｔａ）。ＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒ程序可在网站ｗｅｂ页面使用（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｅｐｅａｔｍａｓｋｅｒ．ｏｒｇ／ｃｇｉ—ｂｉｎ／ＷＥＢＲｅ—　ｐｅａｔＭａｓｋｅｒ）　。　使用ＭＥＭＥ软件进行启动子区保守元件分析，每组启动子中分别得到了长度为６到１０的１Ｏ个保守　序列。然后将每组中的元件发现次数小于平方根（基因数）的去除。同时我们发现ＵＰ组和ＤＯＷＮ组一　些元件是相同的，我们将相同的元件合并，最后总共得到１０个元件（表１）。从表１中我们发现Ｍｏｔｉｆ＿２　（保守序列：ＣＴＦＣＴＩ＇ＣＴＩ＇Ｃ）和Ｍｏｔｉｆ一７（ＧＡＡＧＡＡＧＡＡＧ）是反向互补序列；Ｍｏｔｉｆ一４（ＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡ）和　Ｍｏｔｉｆ－６（ＴＣＴＣＴＣＴＣＴＣ）是反向互补序列。　２．２元件显著性分布的分析　为了证明ＭＥＭＥ发现的ｌ０个元件显著的分布在盐胁迫上调、下调基因的启动子区，我们使用ＥＭ—　ＢＯＳＳ软件包中的ｐｒｏｆｉｔ和ｐｒｏｐｈｅｃｙ软件，分析元件在盐胁迫上调、下调基因上游１０００ｂｐ中出现的频率。　分别以上调、下调启动子的随机序列和拟南芥全基因组启动子中出现的频率作为比较的背景。随机序列　使用ｓｈｕｆｉｅｓｅｑ软件产生，ｓｆｈｕｆｉｅｓｆｅｑ根据启动子序列中四种碱基的出现频率，随机产生一条长度相同的序　列。上调、下调启动子数据文件使用ｓｈｕｆｉｅｓｅｑ软件重复ｌ０次，各产生１０个随机文件。拟南芥的全基因　ｆ组启动子数据库文件来源于ＴＡＩＲ８一ｕｐｓｔｒｅａｍ一１０００，从中去除假基因、转座子元件相关基因、编码ＲＮＡ的　基因、叶绿体基因和线粒体基因，最后全基因组数据库中得到２７０２５个基因的启动子序列。　为了检测元件的分布情况，首先我们以ＭＥＭＥ发现的元件序列为基础，利用ｐｒｏｐｈｅｃｙ软件制作了每　一个元件的核苷酸频率矩阵ＮＦＭ（Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ　Ｍａｔｒｉｃｅｓ）。然后，以每个元件的ＮＦＭ为基础，利用　ｐｒｏｆｉｔ软件分别检测了元件在上调启动子、上调启动子随机序列（１０个重复）、下调启动子、下调启动子随　机序列（１０个重复）、全基因组启动子（２７０２５个启动子）共５个数据库中的分布情况（表２Ａ）。为了统一　・１６６・　山东农业大学学报（自然科学版）　第４ｌ卷　不同数据库间的比较标准，表２Ａ中的数据转换成每１００００个启动子中元件出现的次数（表２Ｂ）。　表１　ＭＥＭＥ分析盐胁迫响应基因上游１０００　ｂｐ启动子区得到的保守元件　Ｔａｂｌｅ　１　Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｍｏｔｉｆｓ　ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ　ｉｎ［一１０００，一１］ｒｅｇｉｏｎｓ　ｏｆ　ｓａｌｉｎｉｔｙ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｇｅｎｅｓ　ｉｎ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．　（ＭＥＭＥ　ｖｅｒｓｉｏｎ　４．１．０）　Ｍｏｔｉｆ　Ｌｏｇｏ　ｌ￣ｎｇｔｈ｛ｂＤ）　…’ｔｔ。　一　ｅＣＡＣ　！　－　ＴＣ　Ｃ　ｊＣ　ＣＩＴＣ］１（Ｆ　ｒ（７’ＩＩＣＩＣ　，：套Ｃ一　Ｃ　．　＾（　｝（Ｘ｝［（ｉＡＩＣＧ［Ａ＇Ｉ’ｃＧ（１ｉＣＴＩ（ＪＩ（ｔ１　１　－　赣Ａ　Ａ　Ａ　Ａ—Ａ　－　Ｃ　ＣＡＣＡＣＡＣ。　ｃ＾（－ＣＡ０ＡＣＩＡ（・】０｛＾（　ｌ　－　ＴＣＴＣＴｃ下Ｇ王阜　－７，ＡＡ　ＡＡ　ＡＡ　－：　ＡＣ　Ｔ０　ＧＡ：　・ｉ￣ｃｓＧ　ＣＣＡＧ　：￣ＡＣＣ＿ＣＧｅ。　表２Ｂ结果表明，以随机序列为背景，所有的元件在上调或下调组的出现频率显著高于各自随机序　列，这表明ＭＥＭＥ发现的１０个元件不是随机出现的，具有很高的特异性，可能具有一定的功能。以全基　因组为背景，Ｍｏｔｉｆ＿ｌ在上调组的出现频率为２０８９．３１　ｔ￣／ｌＯ０００基因（一下直接用２０８９．３１表示），而基因　组中出现频率为６９９．７２，二者比值为２．９９，说明Ｍｏｔｉｆ　１显著分布于盐胁迫上调启动子中；而Ｍｏｔｉｆ＿ｌ在下　调组的出现频率为１４１．８４，与基因组的比值为０．２０，说明Ｍｏｔｉｆ＿ｌ显著不分布于盐胁迫下调启动子中。　Ｍｏｔｉｆ＿３在下调组的出现频率为２１２．７７，在基因组的出现频率为为６２９．４２，二者的比值为０．３４，说明Ｍｏｔｉｆ．＿　３显著不分布于盐胁迫下调启动子中。Ｍｏｔｉｆ８在上调组的出现频率为１９１．３９，基因组的出现频率为９８．　４３，二者的比值为１．９４，说明Ｍｏｔｉｆ＿８显著分布于盐胁迫上调启动子中。Ｍｏｔｉｆ＿１０在上调组出现频率为　１７５．４４，基因组中的出现频率为４０．３３，二者的比值为４．３５，说明Ｍｏｔｉｆ＿１０显著分布于盐胁迫上调启动子　中；而Ｍｏｔｉｆｌ０在下调组中没有发现（出现频率为０），说明该元件显著不分布于下调基因中。　总之，以上保守元件的显著性分布分析结果表明，Ｍｏｔｉｆｌ＼Ｍｏｔｉｆ８＼Ｍｏｔｉｆｌ０显著分布于盐胁迫上调基　因启动子中；而Ｍｏｔｉｆｌ＼Ｍｏｔｉｆ３＼Ｍｏｔｉｆ＿１０显著不分布在盐胁迫下调基因启动子中。有趣的是，我们只发　现了显著分布于盐胁迫上调基因启动子的保守元件，而没有发现显著分布与盐胁迫下调基因启动子的保　守元件，这可能与盐胁迫上调基因、下调基因表达不同的调控方式有关。　表２元件出现的次数　Ｔａｂｌｅ　２　Ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ　ｏｆ　ｍｏｔｉｆｓ　ｉｎ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ　第２期　吴炳江等：拟南芥盐胁迫响应启动子的生物信息学分析　・１６７・　‘　表３每１００００个基因中元件出现的次数　Ｔａｂｌｅ　３　Ｏｕｕｒｒｅｎｃｅ　ｏｆ　ｍｏｔｉｆｓ　ｐｅｒ　１００００　ｇｅｎｅｓ　ｉｎ　Ａｒｏｂｉｄｏｐｓｉｓ　与背景（启动子随机序歹０、全基因组启动子序列）比较有显著差异Ｐ＜０．０１（ｚ—ｔｅｓｔ）。　Ｓｉｇｍｆｉｃａｎｔｌｙ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｆｒｏｍ　ｔｈｅ　ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ　ｍｏｄｅｌ（Ｒａｎｄｏｍ，Ｇｅｎｏｍｅ）ａｔＰ＜０．０１（Ｅ—ｔｅｓｔ）　２．３保守元件功能分析　为了预测ＭＥＭＥ得到的元件的生物学功能，我们将元件的保守序列（表１）提交到网上的元件数据　库。网上的元件数据库比较多，主要有ＰｌａｎｔＣＡＲＥ、ＰＬＡＣＥ、ＴＲＡＮＳＦＡＣ数据库，我们的分析结果表明，　ＴＲＡＮＳＦＡＣ的公共数据库中植物来源的元件较少，而ＰｌａｎｔＣＡＲＥ检索到的结果比较少，所以我们最后采　用的是ＰＬＡＣＥ的结果。　从ＰＬＡＣＥ分析的结果中得知，Ｍｏｔｉｆ＿ｌ含有保守的ＣＡＣＧＴＧ序列，是一种典型的Ｇ—ｂｏｘ元件　一　。　Ｇ—ｂｏｘ元件属于一种ＡＢＲＥ元件（ＡＢＡ　ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｅｌｅｍｅｎｔ），该元件在ＡＢＡ的信号转导过程中起重要作　用，与ｂＺＩＰ类转录因子结合，启动ＡＢＡ诱导的下游功能基因的表达，广泛参与各种非生物胁迫过程　］。　元件的显著性分布分析（表３）也表明该元件显著分布与盐胁迫诱导的基因中，这也是与它的功能相一致。　另外，ＡＢＲＥ元件还需要另外一个元件相伴才能发挥作用，它的伴元件可以是ＡＢＲＥ元件，也可以是其他　元件，如ＣＥ３元件　。Ｍｏｔｉｆ＿３含有保守序列ＮＣＧＮＣＧＮＣＧＮ，ＣＧＡＣＧ元件被认为是一种Ｇ—ｂｏｘ的伴元　件　Ｊ，但是在Ｍｏｔｉｆ＿３中ＣＧＡＣＧ元件的Ａ碱基不保守。Ｍｏｔｉｆ＿４和Ｍｏｔｉｆ＿６互为互补序列，含有保守序列　（ＴＣ）ｎ，属于ＣＴ—ｒｉｃｈ元件，最早在ＣａＭＶ　３５Ｓ启动子转录起始位点上游６０ｂｐ位点发现，具有增强基因表　达的功能　１０］。Ｍｏｔｉｆ＿８的保守序列ＧＡＣＧＴＧＧＣＡ［ＧＴ］，含有ＡＢＲＥ元件的核心保守区ＡＣＧＴ序列，是一种　ＡＢＲＥ—ｌｉｋｅ顺式作用元件¨　。不过大多数的ＡＢＲＥ元件是［ｃＴ］ＡＣＧＴ，但在Ｍｏｔｉｆ＿８元件中该序列为　ＧＡＣＧＴ。Ｍｏｔｉｆ＿９（ＣＣＡＣ［ＣＴ］［ＡＧ］ＣＣＡＣ）含有的ＣＡＣＴ序列是一种在叶肉细胞中特异表达的元件¨　，同　时ＧＣＣＡＣ（ＳＯＲＬＩＰｓ）元件是一种光诱导基因启动子顺式作用元件¨　’　ｊ。Ｍｏｔｉｆ一１０（ＣＡＣＣＧ［ＡＴＧ］ｃｃ　［ＡＣ］Ａ）类似于ＤＲＥ（Ｄｅｈｙｄｒａｔｉｏｎ—Ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　Ｅｌｅｍｅｎｔ）元件（ＣＣＧＡＣ），ＤＲＥ元件也是一种广泛参与逆境　胁迫的瞬时作用元件，与转录因子ＤＲＥＢ互作启动抗逆境基因的表达　”　。不过Ｍｏｔｉｆ一１０元件中的　ＣＣＧＡＣ中的Ａ碱基不保守。Ｍｏｔｉｆ＿２　Ｍｏｔｉｆ＿５　Ｍｏｔｉｆ＿７未检索到相关信息，属于功能未知的元件。　３讨论　在本项研究中，我们使用生物信息学方法在全基因组的范围内查找了拟南芥与盐胁迫有关的保守元　件，分析了这些元件的分布规律和它们的功能。在ｌ０个发现的元件中，有３个元件（Ｍｏｔｉｆ＿ｌ＼Ｍｏｔｉｆ８＼Ｍｏ－　ｔｉｆ＿１０）显著分布于盐胁迫处理０．５　ｈ、１　ｈ上调的基因启动子中；同时Ｍｏｔｉｆ＿ｌ＼Ｍｏｔｉｆ＿１０还显著不分布于盐　胁迫下调的基因中。功能分析表明Ｍｏｔｉｆ＿ｌ含有保守的ＣＡＣＧＴＧ序列，是典型的Ｇ—ｂｏｘ元件。该元件属　于ＡＢＲＥ元件的一种，参与逆境胁迫中ＡＢＡ依赖的信号转导途径。同时显著性分布分析表明Ｍｏｔｉｆ＿ｌ在　盐胁迫上调基因中分布最广。以上结果表明，在盐胁迫信号转导过程中，Ｇ—ｂｏｘ是ＡＢＲＥ元件（核心序列　ＡＣＧＴ）的一种主要形式。Ｍｏｔｉｆ＿８也含有ＡＢＲＥ元件的核心序列ＡＣＧＴ；Ｍｏｔｉｆ＿１０含有ＤＲＥ元件的保守序　列ＣＣＧＡＣ。但由于这两个元件分别含有不保守的碱基（Ｍｏｔｉｆ＿８：Ｇ—ＡＣＧＴ　ＶＳ．［ＣＴ一］ＡＣＧＴ；Ｍｏｔｉｆ＿１０：ＣＣＧ　山东农业大学学报（自然科学版）　第４ｌ卷　［ＡＴＧ一］Ｃ　ＶＳ．ＣＣＧＡ—Ｃ），所以Ｍｏｔｉｆ＿８＼Ｍｏｔｉｆ＿１０也可能是新的与盐胁迫有关的元件。　其余的元件，它们的分布情况与随机序列比较具有非常好的显著性分布，但与全基因组的启动子比较　并没有显著性差异，这说明这些元件可能是一些参与普遍调控机制的顺式作用元件，有实验表明Ｍｏｔｉｆ＿４＼　６（ＣＴ／ＡＧ）ｎ和Ｍｏｔｉｆ＿２＼７（ＣＴＩ＇／ＡＡＧ）１３序列参与非Ｂ型ＤＮＡ结构的形成，而非Ｂ型ＤＮＡ结构的形成　是染色体水平上基因表达调控的一种重要形式。另外（ＣＴＩ＂）ｎ，（ＣＧＮ）ｎ，（ＣＡ）Ｉ１序列与ＤＮＡ的甲基　化有关，参与基因的表达调控　。　通过生物信息学方法的分析，我们在基因组的水平上揭示参与盐胁迫响应的顺式作用元件，为进一步　阐明盐胁迫等非生物胁迫的信号转导途径奠定了基础。　表４元件功能分析　Ｔａｂｌｅ　４　Ｆｕｎｃｔｉｏｎ　ｏｆ　ｍｏｔｉｆｓ　ｆｏｕｎｄ　ｂｙ　ＭＥＭＥ　参考文献　［１］Ｋｉｌｉａｎ，Ｊ．，ｅｔ　ａ１．，Ｔｈｅ　ＡｔＧｅｎＥｘｐｒｅｓｓ　ｇｌｏｂａｌ　ｓｔｒｅｓｓ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｄａｔａ　ｓｅｔ：ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｍｏｄｅｌ　ｄａｔａ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ＵＶ—Ｂ　ｌｉｇｈｔ，ｄｒｏｕｇｈｔ　ａｎｄ　ｃｏｌｄ　ｓｔｒｅｓｓ　ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｐｌａｎｔ　Ｊ，２００７．５０（２）：Ｐ．３４７—６３　［２］Ｍｏｌｉｎａ，Ｃ．ａｎｄ　Ｅ．Ｇｒｏｔｅｗｏｌｄ，Ｇｅｎｏｍｅ　ｗｉｄｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ　ｃｏｒｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒｓ．ＢＭＣ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２００５．６（１）：Ｐ．２５　［３］Ｂａｉｌｅｙ，Ｔ．Ｌ．，ｅｔ　ａ１．，ＭＥＭＥ：ｄｉｓｃｏｖｅｒｉｎｇ　ａｎｄ　ａｎａｌｙｚｉｎｇ　ＤＮＡ　ａｎｄ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｍｏｔｉｆｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ，２００６．３４（Ｗｅｂ　Ｓｅｒｖｅｒ　ｉｓｓｕｅ）：　Ｐ．Ｗ３６９—７３　［４］Ｇｏｍｅｚ—Ｐｏｒｒａｓ，Ｊ．Ｌ．，ｅｔ　ａ１．，Ｇｅｎｏｍｅ—ｗｉｄｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ＡＢＡ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｅｌｅｍｅｎｔｓ　ＡＢＲＥ　ａｎｄ　ＣＥ３　ｒｅｖｅａｌｓ　ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ　ｐａｔｔｅｒｎｓ　ｉｎ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ　ａｎｄ　ｒｉｃｅ．ＢＭＣ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２００７．８：Ｐ．２６０　［５］Ｍｅｎｋｅｎｓ，Ａ．Ｅ．，Ｕ．Ｓｃｈｉｎｄｌｅｒ，ａｎｄ　Ａ．Ｒ．Ｃａｓｈｍｏｒｅ，Ｔｈｅ　Ｇ—ｂｏｘ：ａ　ｕｂｉｑｕｉｔｏｕｓ　ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ　ＤＮＡ　ｅｌｅｍｅｎｔ　ｉｎ　ｐｌａｎｔｓ　ｂｏｕｎｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　ＧＢＦ　ｆａｍｉｌｙ　ｏｆ　ｂＺＩＰ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ．Ｔｒｅｎｄｓ　Ｂｉｏｃｈｅｍ　Ｓｃｉ，１９９５．２０（１２）：Ｐ．５０６—１０　［６］Ｂｕｓｋ，Ｐ．Ｋ．ａｎｄ　Ｍ．Ｐａｇｅｓ，Ｒｅｕｇｌａｔｉｏｎ　ｏｆ　ａｂｓｃｉｓｉｃ　ａｃｉｄ—ｉｎｄｕｃｅｄ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．Ｐｌａｎｔ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，１９９８．３７（３）：Ｐ．４２５—３５　［７］Ｓｉｂｅｒｉｌ，Ｙ．，ｅｔ　ａ１．，Ｃａｔｈａｒａｎｔｈｕｓ　ｒｏｓｅｕｓ　Ｇ—ｂｏｘ　ｂｉｎｄｉｎｇ　ｆａｃｔｏｒｓ　１　ａｎｄ　２　ａｃｔ　ａｓ　ｒｅｐｒｅｓｓｏｒｓ　ｏｆ　ｓｔｒｉｃｔｏｓｉｄｉｎｅ　ｓｙｎｔｈａｓｅ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｉｎ　ｃｅｌｌ　ｃｕｌｔｕｒｅｓ．　Ｐｌａｎｔ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，２００１．４５（４）：Ｐ．４７７—８８　［８］Ｙａｍａｇｕｃｈｉ—Ｓｈｉｎｏｚａｋｉ，Ｋ．ａｎｄ　Ｋ．Ｓｈｉｎｏｚａｋｉ，Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｉｓ—ａｃｔｉｎｇ　ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ　ｅｌｅｍｅｎｔｓ　ｉｎ　ｏｓｍｏｔｉｃ—ａｎｄ　ｃｏｌｄ—ｓｔｅｒｓｓ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｐｒｏｍｏｔ－　ｅｒｓ．Ｔｒｅｎｄｓ　Ｐｌａｎｔ　Ｓｃｉ，２００５．１０（２）：Ｐ．８８—９４　［９］Ｈｗａｎｇ，Ｙ．Ｓ．，ｅｔ　ａ１．，Ｔｈｒｅｅ　ｃｉｓ—ｅｌｅｍｅｎｔｓ　ｒｅｑｕｉｒｅｄ　ｆｏｒ　ｉｒｃｅ　ａｌｐｈａ—ａｍｙｌａｓｅ　Ａｍｙ３Ｄ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｄｕｒｉｎｇ　ｓｕｇａｒ　ｓｔａｒｖａｔｉｏｎ．Ｐｌａｎｔ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，１９９８．　３６（３）：Ｐ．３３１－４１　［１０］Ｐａｕｌｉ，Ｓ．，ｅｔ　ａ１．，Ｔｈｅ　ｃａｕｌｉｌｆｏｗｅｒ　ｍｏｓａｉｃ　ｖｉｒｕｓ　３５Ｓ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ　ｅｘｔｅｎｄｓ　ｉｎｔｏ　ｔｈｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ　ｒｅｇｉｏｎ．Ｊ　Ｖｉｒｏｌ，２００４．７８（２２）：Ｐ．１２１２０—８　［１　１］Ｓｉｍｐｓｏｎ，Ｓ．Ｄ．，ｅｔ　ａ１．，Ｔｗｏ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ　ｎｏｖｅｌ　ｃｉｓ—ａｃｔｉｎｇ　ｅｌｅｍｅｎｔｓ　ｏｆ　ｅｒｄｌ，ａ　ｃｌｐＡ　ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ　ｇｅｎｅ　ｆｕｎｃｔｉｏｎ　ｉｎ　ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ　ｂｙ　ｄｅｈｙｄｒａ—　ｔｉｏｎ　ｓｔｒｅｓｓ　ａｎｄ　ｄａｒｋ—ｉｎｄｕｃｅｄ　ｓｅｎｅＳｃｅｎｃｅ．Ｐ１ａｎｔ　Ｊ．２００３．３３（２）：Ｐ．２５９—７Ｏ　［１２］Ｎａｋａｓｈｉｍａ，Ｋ．，ｅｔ　ａ１．，Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ　ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ　ｏｆ　ＡＢＩ３一ａｎｄ　ＡＢＡ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｇｅｎｅｓ　ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ　ＲＤ２９Ｂ　ａｎｄ　ＲＤ２９Ａ　ｉｎ　ｓｅｅｄｓ，ｇｅｒｍｉｎａｔｉｎｇ　ｅｍｂｒｙｏｓ，ａｎｄ　ｓｅｅｄｌｉｎｇｓ　ｏｆ　Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．Ｐｌａｎｔ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ，２００６．６０（１）：Ｐ．５１—６８　（下转第１７４页）　・１７４・　山东农业大学学报（自然科学版）　第４ｌ卷　另外，李广领　等报道了田间条件下喷施三唑酮对玉米褐斑病有较好的防治效果，而本研究结果表　明该药剂对玉米褐斑病菌休眠孢子囊的萌发没有抑制作用。研究还发现三唑类药剂对玉米褐斑病菌休眠　孢子囊萌发的抑制作用差异很大，如戊唑醇、丙环唑、苯醚甲环唑能抑制休眠孢子囊的萌发，而三唑酮则对　休眠孢子囊的萌发无显著抑制作用；而且随着温度的变化，三唑类药剂的抑制作用也呈现不同的变化趋　势，如丙环唑和苯醚甲环唑对萌发的抑制作用随温度的升高而逐渐增强，戊唑醇与之相反。因此，本研究　所筛选出的药剂仅说明其能抑制玉米褐斑病菌休眠孢子囊的萌发，从而减轻病菌对玉米的侵染，但所筛选　出的药剂（如代森锰锌、恶霉灵）和三唑类药剂对休眠孢子囊萌发释放出的游动孢子、游动孢子所产生的　侵染丝及侵染后产生的根状菌丝体的体外寄生单倍体阶段等有无抑制作用，还有待进一步研究。　参考文献　［１］冯艳梅．玉米褐斑病的发生及防治［Ｊ］．现代农业科技，２００８，９：８４　［２］郝伟．玉米褐斑病重发原因与防治对策［Ｊ］．粮食作物，２００８，４：１１３—１１６　［３］金晓华，何其明，徐泽海，等．玉米揭斑病在京郊夏玉米上发生及危害［Ｊ］．植物保护，１９９４，６：４６—４７　［４］李绍伟，李绍生，赵国建，等．２００６年豫东地区玉米褐斑病大流行的原因分析及防治对策［Ｊ］．中国种业，２００７，７：４６－４７　［５］李石初．玉米褐斑病调查研究初报［Ｊ］．作物杂志，２００３，２：４５—４６　［６］毛朝军．玉米褐斑病的发生及预防［Ｊ］．河南农业，２００２，（７）：１８　［７］沈光斌．玉米褐斑病重发原因及防治技术［Ｊ］．安徽农学通报，２０００，１２（５）：１９１　［８］孙炳剑，雷小天，袁虹霞，等．玉米褐斑病暴发流行原因分析与防治对策［Ｊ］．河南农业科学，２００６，（Ｉ１）：６１—６２　［９］Ｌ．ＬＡＮＧＥ　ｎｄ　Ｌ．Ｗ．ＯＬＳＯＮ．Ｇｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｒｅｓｔｉｎｇ　Ｓｐｏｒａｎｇｉａ　ｏｆ　Ｐｈｙｓｏｄｅｒｍａ　ｍａｙｄｉｓ，ｔｈｅ　Ｃａｕｓａｌ　Ａｇｅｎｔ　ｏｆ　Ｐｈｙｓｏｄｅｒｍａ　Ｄｉｓｅａｓｅ　ｏｆ　Ｍａｉｚｅ　［Ｊ］．Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｍａ，１９８０，１０２：３２３—３４２　［１Ｏ］Ｌ．Ｗ．ＯＬＳＯＮ，Ｕ．Ｍ．ＥＤＥＮ，ａｎｄ　Ｌ．ＬＡＮＧＥ．Ｔｈｅ　Ｅｎｄｏｂｉｏｔｉｃ　Ｔｈａｌｌｕｓ　ｏｆ　Ｐｈｙｓｏｄｅｒｍａ　ｍａｙｄｉｓ，ｔｈｅ　Ｃａｕｓａｌ　Ａｇｅｎｔ　ｏｆ　Ｐｈｙｓｏｄｅｒｍａ　Ｄｉｓｅａｓｅ　ｏｆ　Ｍａｉｚｅ［Ｊ］．Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｍａ，１９８０，１０３：１一ｌ６　［１　１］Ｌ　Ｗ．ＯＬＳＯＮ　ａｎｄ　Ｌ．ＬＡＮＧＥ．Ｔｈｅ　Ｍｅｉｏｓｐｏｒｅ　ｏｆ　Ｐｈｙｓｏｄｅｍａｒ　ｍａｙｄｉｓ．Ｔｈｅ　Ｃａｕｓａｌ　Ａｇｅｎｔ　ｏｆ　Ｐｈｙｓｏｄｅｍａｒ　Ｄｉｓｅａｓｅ　ｏｆ　Ｍａｉｚｅ［Ｊ］．Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｍａ，　１９７８，９７：２７５—２９０　［１２］陈家想．玉米褐斑病发生与防治［Ｊ］北京农业，２０００，１２：３５　［１３］董金皋．农业植物病理学（北方本）［Ｍ］．北京：中国农业出版社，２００１：１０４—１０６　［１４］李广领，吴艳兵，王建华，等．不同杀菌剂对玉米褐斑病田间药效试验［Ｊ］．西北农业学报，２００９，１８（２）：２８０—２８２　（上接第１６８页）　［１３］Ｇｏｗｉｋ，Ｕ．，ｅｔ　ａ１．，ｃｉｓ—Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ　ｅｌｅｍｅｎｔｓ　ｆｏｒ　ｍｅｓｏｐｈｙｌｌ—ｓｐｅｃｉｆｉｃ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｉｎ　ｔｈｅ　ＣＡ　ｐｌａｎｔ　Ｆｌａｖｅｆｉａ　ｔｒｉｎｅｒｖｉａ，ｔｈｅ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃ４　ｐｈｏｓｐｈｏｅｎｏｌｐｙｒｕｖａｔｅ　ｅａｒｂｏｘｙｌａｓｅ　ｇｅｎｅ．Ｐｌａｎｔ　Ｃｅｌｌ，２００４．１６（５）：Ｐ．１０７７—９０　［１４］Ｈｕｄｓｏｎ，Ｍ．Ｅ．ａｎｄ　Ｐ．Ｈ．Ｑｕａｉｌ，Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｐｒｏｍｏｔｅｒ　Ｍｏｔｉｆｓ　ｉｎｖｏｌｖｅｄ　ｉｎ　ｔｈｅ　ｎｅｔｗｏｒｋ　ｏｆ　ｐｈｙｔｏｃｈｒｏｍｅ　Ａ—ｒｅｕｌｇａｔｅｄ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｂｙ　ｅｏｍ・　ｂｉｎｅｄ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｇｅｎｏｍｉｃ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ａｎｄ　ｍｉｅｒｏａｒｒａｙ　ｄａｔａ．Ｐｌａｎｔ　Ｐｈｙｓｉｏｌ，２００３．１３３（４）：Ｐ．１６０５一ｌ６　［１５］Ｊｉａｏ，Ｙ．，ｅｔ　１ａ．，Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅ　ｏｆ　ｌｉｇｈｔ—ｒｅｕｌｇａｔｅｄ　ｇｅｎｏｍｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｐａｔｔｅｒｎｓ　ｄｕｒｉｎｇ　ｓｅｅｄｌｉｎｇ　ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ　ｉｎ　ｉｒｃｅ　ａｎｄ　Ａｒａｂｉｄｏｐ—　ｓｉｓ．Ｐｌａｎｔ　Ｃｅｌｌ，２００５．１７（１２）：Ｐ．３２３９—５６　［１６］Ｋｉｚｉｓ，Ｄ．ａｎｄ　Ｍ．Ｐａｇｅｓ，Ｍａｉｚｅ　ＤＲＥ—ｂｉｎｄｉｎｇ　ｐｒｏｔｅｉｎｓ　ＤＢＦ１　ａｎｄ　ＤＢＦ２　ａｒｅ　ｉｎｖｏｌｖｅｄ　ｉｎ　ｒａｂｌ７　ｒｅｕｌｇａｔｉｏｎ　ｔｈｒｏｕｇｈ　ｔｈｅ　ｄｒｏｕｇｈｔ—ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｅｌｅｍｅｎｔ　ｉｎ　ｎ　ＡＢＡ—ｄｅｐｅｎｄｅｎｔａ　ｐａｔｈｗａｙ．Ｐｌａｎｔ　Ｊ，２ＯＯ２．３０（６）：Ｐ．６７９—８９　［１７］Ｏｕｂｏｕｚｅｔ，Ｊ．Ｇ．，ｅｔ　ａ１．，ＯｓＤＲＥＢ　ｇｅｎｅｓ　ｉｎ　ｒｉｃｅ，Ｏｒｙｚａ　ｓａｔｉｖａ　Ｌ．，ｅｎｃｏｄｅ　ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ　ａｃｔｉｖａｔｏｒｓ　ｔｈａｔ　ｆｕｎｃｔｉｏｎ　ｉｎ　ｄｒｏｕｇｈｔ一，ｈｉｇｈ—ｓａｌｔ—ａｎｄ　ｃｏｌｄ—　ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｐｌｎｔａ　Ｊ，２０Ｏ３．３３（４）：Ｐ．７５１—６３　［１８］Ｃｏｌｏｔ，Ｖ．ａｎｄ　Ｊ．Ｌ．Ｒｏｓｓｉｇｎｏｌ，Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｅ　ＤＮＡ　ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ　ａｓ　ａｎ　ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ　ｄｅｖｉｃｅ．Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ，１９９９．２１（５）：Ｐ．４０２—１１　［１９］Ｈｏｈｎ，Ｔ．，ｅｔ　ａ１．，Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｏｄｉｎｇ　ｒｅｇｉｏｎａｌｏｎｅｉｎｈｉｂｉｔｓ　ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｉｎ　ｐｌａｎｔ　ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔｓ．Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｅｉ　Ｕ　Ｓ　Ａ，１９９６．９３（１６）：　Ｐ．８３３４—９