法律分析：根据《中华人民共和国合同法》规定，合同各方可以自由约定合同条款，但约定不得违反法律、行政法规的规定，不得违背社会公共利益及公共道德。因此，合同条款的约定在违约赔偿计算中应当被考虑和尊重，但是对于违反法律、行政法规等无效的条款，则不能参考。
法律依据：
1.《中华人民共和国合同法》第六十四条：“当事人可以对合同中的违约责任进行约定，但应当遵循公平原则，并根据违约情况确定违约赔偿额，赔偿损失及利润的等价物原则。”
2.《中华人民共和国合同法》第四十一条：“当事人约定的合同条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背社会公共利益及公共道德，但法律、行政法规对合同条款另有规定的除外。”
因此，在违约赔偿计算中，应该优先考虑合同条款的约定和遵循公平原则。但对于违反法律法规的无效条款，则不能参考其约定。
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