奖金扣税方式为：奖金*税率-速算扣除数，税率是按奖金/3（一个季度时间）作为“应纳税所得额”对应的税率。员工当月的工资薪金不超过5000元，再发放的奖金单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。但可以将一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。
根据国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知文件的规定，纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，由扣缴义务人发放时代扣代缴，同样适用于季度奖金。季度奖金扣除个人所得税可以按照年综合所得来计算个人所得税,计算方法为(年综合收入减去起付线减去专项附加扣除减去社保扣除)乘上税率来进行计算。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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