发放年终奖的当月工资高于5000元时，年终奖扣税方式为：年终奖*税率-速算扣除数，税率是按年终奖/12作为“应纳税所得额”对应的税率。
两种计税方式：
1、居民个人取得全年一次性奖金，符合《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号）规定的，在2021年12月31日前，不并入当年综合所得，以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照按月换算后的综合所得税率表（以下简称月度税率表），确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。计算公式为：应纳税额＝全年一次性奖金收入*适用税率－速算扣除数；
2、居民个人取得全年一次性奖金，也可以选择并入当年综合所得计算纳税。“需要提醒纳税人的是，自2022年1月1日起，居民个人取得全年一次性奖金，应并入当年综合所得计算缴纳个人所得税。
综上所述，当月工资低于5000元时，年终奖个人所得税=（年终奖-（5000-月工资））*税率-速算扣除数，税率是按年终奖-（5000-月工资）除以12作为“应纳税所得额”对应的税率。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
1、工资、薪金所得；
2、劳务报酬所得；
3、稿酬所得；
4、特许权使用费所得；
5、经营所得；
6、利息、股息、红利所得；
7、财产租赁所得；
8、财产转让所得；
9、偶然所得。
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