医保卡里有钱药店却说没有的原因如下：
1、用人单位没有正常缴纳医保；
2、交钱后但医保卡需要充值（有的地方叫圈存），需要拿卡到医保专用的机器上把每个月的钱充到卡上或者到定点医院、药店充值；
3、医保卡属于大病医保只能住院用不能门诊使用；
4、医保卡一般有两个帐户，一个是银行帐户，一个是社保帐户，在银行柜台和ATM机上查的是银行帐户，如果没存过钱的话，肯定是零了。要到专门的医保机器（医保定点医院、定点药店、医保合作银行都有的）去查询医保帐户；
医保卡余额查询方法如下：
1、社保中心查询，如果对自己的社保帐号不清楚，可以携带身份证到各区社会保险经办机构业务办理大厅查询；
2、上网查询，登陆所在城市的劳动保障网或社会保险业务网站，点击“个人社保信息查询”窗口，输入本人身份证和密码（密码是你的社保证编号或者身份证出生年月），即可查询本人参保信息；
3、电话咨询，拨打劳动保障综合服务电话“12333”进行政策咨询和信息查询；
4、触摸屏查询，各区社会保险经办机构业务办理大厅内如果设有社会保险触摸屏查询系统，刷卡或根据屏幕提示输入卡号或身份证号进行查询；
综上所述：确定医保卡里面有钱而药店却无法查询到相关余额信息，可以到药店或者联系所在地的医保部门进行投诉和查询。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第十三条
用人单位和职工个人缴纳的基本医疗保险费，由社会保险经办机构分别建立基本医疗保险个人帐户（以下简称个人帐户）和社会统筹基金。个人帐户包括职工个人缴纳的全部基本医疗保险费和单位缴纳基本医疗保险费的一部分。
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