5000元工资是不用扣个人所得税的。超过5000元的才需要缴税个人所得数，工资个税的计算公式为：应纳税额=（工资薪金所得-五险一金-扣除数）×适用税率-速算扣除数。
《个人所得税法》第三条 个人所得税的税率： （一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）； （二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）； （三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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