法律分析：
当公司犯罪时，业务合作伙伴可能会受到影响，因此需要及时采取措施以保护双方的合法权益。具体处理方式包括以下几点。
1. 组织内部调查：对公司犯罪行为进行全面深入的内部调查，查明事实、收集证据，以便更好地处理后续事宜。
2. 与业务合作伙伴进行沟通：及时告知业务合作伙伴公司犯罪的情况，同时积极沟通，尽快找到解决方案，避免损失扩大。
3. 寻求法律支持：如果公司犯罪行为涉及到法律责任，需要及时寻求法律支持，确保双方的合法权益得到保护。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第一百八十四条规定，单位犯罪，由单位承担刑事责任，单位还可以承担民事责任。
2.《中华人民共和国合同法》第九十三条规定，当一方因不可归责于自己的事由不能履行合同时，另一方可以请求变更或者解除合同。
3.《中华人民共和国公司法》第八十七条规定，公司法定代表人、董事、监事、经理等负责人员对公司犯罪行为负有刑事、民事责任。
4.《中华人民共和国民法典》第一百零七条规定，当事人之间发生侵权行为，应承担侵权责任，包括赔偿损失、承担维修、拆除、恢复原状等责任。
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