是指本单位内所设置的部门。
内设机构是指独立机构的内部组织，又称内部机构。所谓内设机构一般不能单独用本机构的名义对外行使职权，通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。是部门或单位为方便管理，完成目标而设置的中层科室。内设机构一般分为办公室，人事，财务，业务等具体办事和综合科室。
在我国政府系统的行政机构中，内设机构的层次一般不超过两层。机关内设机构一般包括:办公室，负责本单位上传下达和后勤等日常工作;财务部门，负责本单位的收支等工作;组织人事部门，负责本单位的人事管理等工作;业务部门，根据各单位的工作性质和主要工作职责，会设立多个业务部门，负责本单位的主要业务工作。
内设机构是指独立机构的内部组织，比如卫健委内部的办公室等之类，直属机构是指政府直接领导下主办各项专门业务的机构，比如政府某负责专门业务科室；它们之间一个是没有受到法律直接授权，不能够直接行驶行政权的，另一个是有部分法律授权的，能够在授权范围内直接行使行政权的。
法律依据：
《中华人民共和国宪法》
第一百零五条
地方各级人民政府是地方各级国家权力机关的执行机关，是地方各级国家行政机关。地方各级人民政府实行省长、市长、县长、区长、乡长、镇长负责制。
第一百零四条
县级以上的地方各级人民代表大会常务委员会讨论、决定本行政区域内各方面工作的重大事项；监督本级人民政府、监察委员会、人民法院和人民检察院的工作；撤销本级人民政府的不适当的决定和命令；撤销下一级人民代表大会的不适当的决议；依照法律规定的权限决定国家机关工作人员的任免；在本级人民代表大会闭会期间，罢免和补选上一级人民代表大会的个别代表。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容