破产债权确认纠纷应该由受理破产申请的人民法院管辖。如果债权人和破产债务人对债权债务纠纷约定了仲裁，那么当管理人对该债权不予确认登记时，债权人就应当向仲裁委提出债权确认申请，受理破产的法院没有管辖权。实践中，破产案件一般由中级人民法院受理。受理破产申请的中级法院，可以将本应由自己审理的案件，报请高级人民法院批准，交由基层人民法院审理。破产债权确认纠纷拟确认的债权，如果属于海事纠纷、专利纠纷、证券市场因虚假陈述引发的民事赔偿纠纷等须专门管辖的案件，则此类案件可以由上级人民法院指定一家有权管辖此种专业案件的法院，集中审理类似案件。
《中华人民共和国企业破产法》第一百零九条 对破产人的特定财产享有担保权的权利人，对该特定财产享有优先受偿的权利。 《中华人民共和国企业破产法》第一百一十条 享有本法第一百零九条规定权利的债权人行使优先受偿权利未能完全受偿的，其未受偿的债权作为普通债权；放弃优先受偿权利的，其债权作为普通债权。 《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿： （一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金； （二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款； （三）普通破产债权。
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