可以与对方协商，在有利于保护子女利益的前提下，两个孩子可以由父母一方直接抚养，也可以双方轮流抚养。
不能协商一致的，法院按照以下原则进行判决：
不满两周岁的子女一般由母亲直接抚养，除非母亲有不宜抚养的情况。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。两周岁以上的可以证明对方有以下情形之一来争取抚养权：
(一)已做绝育手术或者因其他原因丧失生育能力;
(二)子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利;
(三)无其他子女，而另一方有其他子女;
(四)子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活。
【法律依据】
《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
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