有限公司转让股权收入应当缴纳个人所得税。转让股权收入属于财产转让所得，适用比例税率，税率为百分之二十。以股权转让收入减除取得股权所支付的金额和转让过程中所支付的相关合理费用后的余额，为应纳税所得额。
一、股权投资个人所得税税率
个人转让股权所得的个人所得税税率为20%。个人股权转让以转让股权的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。这实际上就是指个人股东因股权转让的获利金额，或者说只有在溢价转让的情况下才需缴纳个人所得税。
二、股权转让对价怎么计算
（一）根据国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告，转让股权所得属于财产转让所得应税项目，应按照20％的税率计征个人所得税。财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50％以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
（二）股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。就税法的一般原理而言，股权转让与其他财产转让一样，其收益的性质属于资本利得。资本利得的计税基础为转让财产所获得的收入与被转让财产的取得成本之间的差额。套用国家税务总局文件的表述方式，股权转让所得为企业转让股权投资的收入减除股权投资成本后的余额或者股权转让价减除股权成本价后的差额。
三、二手房个人所得税怎么算
二手房个人所得税按照税率为20%计算个人所得，并且房屋财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额为纳税所得额。因为我国的个人所得税法规定财产转让所得的收入适用比例税率，税率为百分之二十。
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