商铺拆迁商户应予赔偿替代商铺土地的价差损失、经营损失、停业停产损失、地上物即房屋、设备等固定资产的损失、搬迁费用以及解聘员工的安置补偿费用等。
房屋拆迁办理房屋拆迁许可证流程如下：
1、房屋拆迁方若是想要办理房屋拆迁许可证，需要向城市房屋拆迁安置管理办公室领取拆迁许可证审批表。并按要求提供所需文件和资料；拆迁办对拆迁单位提交的资料进行审核，符合条件的召开拆迁预备会，在规定时间内提交房管局审批；房屋管理局拆迁安置管理处由经办人接件，核实所报资料，召开处务会议，对符合条件的提出意见，报主任、主任审批；
2、审批通过后，由内勤制证登记，用印、发证、归档。符合发证条件的，通知申请人领取拆迁许可证。具体办理手续和材料以当地拆迁办管局等相关机构的规定为准；
3、取得拆迁许可证应具备建设项目批准文件、建设用地规划许可证。国有土地使用权批准文件、拆迁计划和拆迁方案、办理存款业务的金融机构出具拆迁补偿安置资金证明或行政主管部门设置的专户。
综上所述，商铺拆迁商户应予赔偿替代商铺土地的价差损失、经营损失、停业停产损失、地上物即房屋、设备等固定资产的损失、搬迁费用以及解聘员工的安置补偿费用等。
【法律依据】：
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
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