区别在于权利归属不同：土地所有权，归属集体；承包权，归属农户；经营权，归属经营者。
首先，关于土地的所有权是由我国国家性质所决定的。我国宪法明确规定“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有；宅基地和自留地、自留山，也属于集体所有”。因此，农村土地集体所有权的根本地位坚持不变。
其次，土地承包经营权属于用益物权。在权利内容上，多数观点认为，土地承包经营权系承包权与经营权的双重属性混合。其中，承包权属于成员权，只有集体成员才有资格拥有，具有身份依附性和不可对外转让性；经营权属于财产权，在权利属性上具有可交易性。
由此，在“两权分置”下，土地所有权和土地承包经营权其实并不具备自由流转的物权属性。但“三权分置”体制实现了集体、承包农户、新型经营主体对土地权利的共享，从法律制度的角度看，其本质就是确定在不改变土地公有制的基本经济制度前提下，在土地上分离出一个更加符合市场交易要求的私权——土地经营权。
法律依据：《中华人民共和国民法典》第三百三十条：农村集体经济组织实行家庭承包经营为基础、统分结合的双层经营体制。
农民集体所有和国家所有由农民集体使用的耕地、林地、草地以及其他用于农业的土地，依法实行土地承包经营制度。
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