这种操作不违规。
是先付款还是先开票，由双方的合同约定，属于民事范围。只要双方同意，签字盖章，就有法律效益，可以先开票后付款，也可以先付款后开票。
“先开发票后付款”是一种商业交易习惯
“先开发票后付款”在某些行业和领域，已为商家们所认同，成为一种商业交易习惯，广泛存在。
先开发票后付款的情形主要有如下几种：
1、买方要求财务部必须在见到发票后才能支付货款，以此要求卖方先开发票，业务员凭发票从财务部领取货款后付给卖方;
2、买方通知卖方结账，卖方便将全额发票送至买方，买方工作人员却只先支付部分货款，或者要求卖方次日来取款，或者以银行暂时不能办理等种种理由推拖。
不违规。基于信赖的“先开发票后付款”交往中，往往缺乏相应的特别书面约定或者其他补充材料予以证明买方并未付款。当卖方为货款起诉至法院时，双方最基本的信赖丧失，诚信交易变成了诉讼对抗。此时，若买方以付款发票证明其已经支付货款，卖方则处于不利的诉讼境况。
【法律依据】：
《中华人民共和国发票管理办法》 第三条 发票的基本联次包括存根联、发票联、记账联。存根联由收款方或开票方留存备查；发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证；记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可根据发票管理情况以及纳税人经营业务需要，增减除发票联以外的其他联次，并确定其用途。
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