法律分析：
1、新农合都是先自费住院的。住院当天(办住院手续的时侯如果没带户口本和农合本的话，可以先告诉医生或者窗口，尽快给补上就可以)，他们要在电脑上登记的，之后出院就可以去报销了。
2、 新型农村合作医疗报销流程
一、新型农村合作医疗参保患者须凭本人医疗卡、本人有效身份证（无身份证的凭户口簿），经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时直接刷卡报销。
二、在市外二级及二级以上公立医疗机构医院住院治疗的参保患者，应在出院后三个月内，由参保人或其家属带医药费用原始发票（复印件无效）、住院医药费用汇总明细清单、出院小结及门诊病历、患者身份证、医疗卡、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心一楼1
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条 参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围:
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
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