股权转让协议价格确定方法如下：
1、当事人自由协商确定，即股权转让时，股权转让价款由转让方与受让方自由协商确定，可称为“协商价法”；
2、以公司工商注册登记的股东出资额为股权转让价格可称为“出资额法”；
3、以公司净资产额为标准确定股权转让价格，可称为“净资产价法”；
4、以审计、评估的价格作为依据计算股权转让价格，可称为“评估价法”；
5、以拍卖价、变卖价为股权转让价格。
常用的确定股权转让价格的方法：
1、直接以出让方在目标公司中的出资额为转让价格；
2、以目标公司账面净资产与出让方持股比例的乘积为转让价格；
3、以审计、评估的目标公司净资产与出让方持股比例的乘积为转让价格；
4、通过招标、拍卖等竞价交易方式确定转让价格。
股权转让工商办理流程：
1、需要从工商局领张公司登记备案书（也可以从工商局网站上下载），根据要求进行填写；
2、制定新的公司章程（有章程的话，可以制定章程修正案）；
3、召开股东大会，大会制定股东会决议（如果为首次召开股东会的话，制定首次股东会决议）；
4、需要填写股权转让协议和收付款证明（一式两份）；
5、准备原营业执照的正副本和复印件；
6、携带公司公章和资料去行政服务大厅，由工作人员审核材料；
7、材料审核合格后，需要股东到场签字。待5个工作日后，可以领取变更后的营业执照。
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