法律分析：月工资不到5000元，没有到个人所得税的起征点，也可能会预缴税款。这主要可能存在以下两种情况：
第一、月工资虽然不到5000元，但年终奖单列，而且特别高。比如每月实发工资不到5000元，每月扣除免税额5000元，不需要缴税，在年终奖单独发放，而且有5万元。这样，除掉一部分扣除项，剩余的收入都应该缴纳个人所得税。而且很多年终奖其实都是在第2年年初发放，是上一年度的年终奖，比如，2021年的收入当中在年终奖一般是2020年的年终奖。这样更容易导致预缴税款较高。因为1月份发放工资，扣除免税额是5000元，2月份发放工资，累计扣除免税额是10000元，以此类推，越到后面扣除额就越多，预缴纳税也会越精确。
第二、月工资不到5000元，说的是月平均工资不到5000元，而实际发放当中，有些月份工资高，有些月份工资低，工资高时月工资超过5000元。这样的情况也会导致计算税款不准确，从而要预缴税款。举个极端的例子。比如月平均工资5000元，全年收入就是6万元，但实际上，前三个月每月工资2万元，后面就没有工资收入。显然前三个月工资这么高，而且扣除的总免税额只有15,000元，如果没有其他扣除项，剩余的部分都要预缴个人所得税。个人所得45,000元，需要预缴税款为45,000元×10%-2520=1980元。在这种情况下，进行个人所得综合汇算，会发现应缴税款其实是0，那么预缴税款1980元就要全额退税。实际当中这种极端情况可能很少出现，但工资波动的情况每个人都有，实际预缴税不会这么高，也就不会退那么多税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
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