法律分析:
(一)案件来源不同。公诉案件是由国家公诉机关即人民检察院提起的；而自诉案件是由被犯罪行为侵害的公民、个人或者他的法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起的。
(二)犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为的性质一般来说比较严重，对社会的危害性也比较大，案件一经起诉人民法院必须依法进行审判，除公诉机关认为所指控的事实不清，证据不足，不能对被告人定罪和处以刑罚申请撤回起诉，人民法院准许撤回起诉外，人民法院必须依据审理中查明的事实和证据，依法作出有罪或无罪判决。而自诉案件犯罪行为的性质多数不甚严重，对社会的危害性也比较小，因而，自诉人在判决宣告前可以同被告人自行和解或撤回自诉，对告诉才处理和有证据证明的轻微刑事案件，可以进行调解。
法律依据:
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十九条 刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。
人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
自诉案件，由人民法院直接受理。
第二十条 基层人民法院管辖第一审普通刑事案件，但是依照本法由上级人民法院管辖的除外。
第二十一条 中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：
(一)危害国家安全、恐怖活动案件;
(二)可能判处无期徒刑、死刑的案件。
第二十二条 高级人民法院管辖的第一审刑事案件，是全省(自治区、直辖市)性的重大刑事案件。
第二十三条 最高人民法院管辖的第一审刑事案件，是全国性的重大刑事案件。
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