5万年终奖需要扣税4790元。
居民个人取得的全年一次性奖金可以选择单独计算纳税。计算方法为奖金收入除以12个月，按月度税率表确定适用税率和速算扣除数。5万元年终奖按此方法计算，应纳税额为奖金收入乘以适用税率减去速算扣除数，即4790元。自2022年1月1日起，全年一次性奖金应并入当年综合所得计算缴纳个人所得税。2022年1月1日之后领取的年终奖，需按并入综合所得的方式计算税额。
年终奖的税率表：
1、不超过3，000元的部分，税率为3%；
2、超过3，000元至12，000元的部分，税率为10%；
3、超过12，000元至25，000元的部分，税率为20%；
4、超过25，000元至35，000元的部分，税率为25%；
5、超过35，000元至55，000元的部分，税率为30%；
6、超过55，000元至80，000元的部分，税率为35%；
7、超过80，000元的部分，税率为45%。
综上所述，居民个人的5万元年终奖可选择单独计算纳税，按照奖金除以12个月的方法计算应纳税额为4790元，但自2022年1月1日起，年终奖需并入当年综合所得一并计算个人所得税，改变了以往的纳税方式。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》
第三条
个人所得税的税率：（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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