铁皮石斛虽然无明显的毒副作用，但是它毕竟是一种中药材，有一定的用量规定，用量过小，无法达到预期疗效，铁皮石斛药性偏寒，用量过大，可能会引起腹痛、便溏、腹泻等不适，一般建议干铁皮石斛用量为6-12克，新鲜的铁皮上石斛用量为15-30克左右。
煎煮时间要注意铁皮石斛是一种比较耐煎的药材，煎煮时间过短，其药物成分无法完全析出，也就达不到预期的疗效，一般建议煎煮30分钟左右为佳。
不与萝卜同食萝卜具有行气，加强肠胃蠕动的作用，铁皮石斛与萝卜同食，会减少铁皮石斛在肠胃内停留的时间，减少肠胃对铁皮石斛药效的吸收，从而降低铁皮石斛的疗效，一般建议在喝铁皮石斛4小时内不要吃萝卜。
不与咖啡、浓茶同服咖啡中的咖啡因，茶叶中的茶鞣酸的成分可能会与铁皮石斛中的有效成分发生反应，从而降低铁皮石斛的药效，所以建议在喝铁皮石斛的1-2小时内不要喝咖啡或者是浓茶。
脾胃虚弱者慎服铁皮石斛味甘，性偏寒，脾胃虚寒者服用铁皮石斛可能会加剧肠胃内寒气的聚集，加重寒气对肠胃的刺激，从而可能会引发或者加重脘腹胀满、便溏腹泻等症状，所以建议脾胃功能虚弱者不宜服用铁皮石斛。
病早期阴未伤者慎服正处于病情早期但是还没有大渴、大汗等阴液损失的情况者不宜喝铁皮石斛，因为铁皮石斛具有滋阴的功效，病早期患者服用可能会导致滋阴太过，致使不适症状加重。
湿温病未化燥者慎服有头晕头胀、胸闷、小便不利等湿温病症状，但尚未出现燥热症状者不宜服用铁皮石斛，因为铁皮石斛具有较强的滋阴作用，湿温病未化燥者服之，可能会滋阴太过，体内阴气过盛，导致原本症状加重或病程延长。