迟到一次扣50元是否合法，需要根据公司的规章制度是否合法来确定。
1、公司规定迟到一次扣50元是否合法，需看公司规章制度是否经过民主程序合法制定；
只要罚款数额不超过法律规定的必要限度，即为合法；
2、用人单位应在规章制度中明确迟到扣工资的要求及标准，并公开告知员工；
所扣工资不得超过劳动者当月工资的20%；
3、若规章制度制定过程合法，用人单位有权制订劳动规章制度，包括迟到罚款；
4、用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资；
迟到罚款规定应经过职工大会同意，且扣除后工资不得低于最低工资标准。
公司规章制度的制定原则：
1、符合法律法规：公司规章制度必须遵守国家法律、法规的规定，不能与法律法规相抵触；
2、合理性原则：规章制度应当合理，不能过分限制员工的合法权益；
3、明确性原则：规章制度应当内容明确，条款清晰，便于员工理解和遵守；
4、公开性原则：规章制度应当公开透明，确保每位员工都能够知晓并遵循；
5、动态调整原则：公司应根据实际情况和法律法规的变化，适时调整和更新规章制度。
综上所述，迟到一次扣50元是否合法需要根据公司规章制度的合法性来确定，只要规章制度经过民主程序合法制定且罚款数额不超过法律规定的必要限度，即为合法。用人单位应在规章制度中明确迟到扣工资的要求及标准，并公开告知员工，所扣工资不得超过劳动者当月工资的20%。若规章制度制定过程合法，用人单位有权制订劳动规章制度，包括迟到罚款。然而，用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资，迟到罚款规定应经过职工大会同意，且扣除后工资不得低于最低工资标准。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动法》
第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》
第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。