1、口腔菌群失调：口腔内部的菌群失调造成口腔黏膜细胞水肿变性，继而局限性坏死形成一个或多个，或大或小的溃疡面，下层是一个坏死组织，有大量炎症细胞浸润。
2、内分泌变化：有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，临床研究发现，月经期出现口腔溃疡主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素的水平降低所致。长期如此反复，需警惕全身免疫疾病白塞氏病及更为严重的口腔癌，因此女性朋友要重视口腔溃疡反反复作，及时进行科学治疗。
3、免疫反应：反复性口腔溃疡先与免疫有着很密切的关系。有的患者表现为免疫缺陷，有的患者则表现为自身免疫反应，就是由于各种因素，使人体正常的免疫系统对自身组织抗原，产生免疫反应，引起组织破坏而发生疾病。
4、消化系统疾病及功能紊乱：一小部分口腔溃疡患者与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。