九寨沟属长江水系嘉陵江上游区域,九寨沟由南向北汇入白河,白河与黑河在九寨沟县两河口汇合后始称白水江,白水江在甘肃文县境内汇入白龙江,白龙江在广元昭化镇注入嘉陵江。
九寨沟地处岷山山脉南段尕尔纳峰北麓,是长江水系嘉陵江源头的一条支沟,也是青藏高原向四川盆地过渡的地带,地质结构复杂。这里高差悬殊、气候多样、山明水秀。