位于肃南裕固族自治县境内，是集石窟艺术、祁连山风光和裕固族风情于一体的旅游区。石窟始建于北凉，由胜果寺、普光寺、千佛洞、金塔寺、上、中、下观音洞七处组成，共有70余处窟龛。马蹄寺石窟是一规模宏大的石窟群体。它包括七个小石窟群，迤逦近三十公里，竖家级文物保护单位。民间传说：天马下凡时一蹄落在了这里的一块岩石上，踩下了一只蹄印，寺院由此而得名。马蹄寺石窟群，包括千佛洞、南北马蹄寺、上中下观音洞和金塔寺七个小石窟群。每个小窟群，多的有三十余窟，少的有两窟，总共有七十多窟。
这些石窟中最早的建于晋代，是敦煌人郭瑀及其弟子所凿，先为郭的隐居讲学处，后人增塑像佛，鼎盛时期曾有僧众三百多人。
到了明朝永乐年间改名普光寺，寺内原存的金鞍、龙袍，系清代乾隆赐给的御物。马蹄石窟由于历史悠久，同敦煌的莫高窟、安西的榆林窟齐称为河西佛教胜地的三大艺术宝窟。
马蹄寺石窟群，从东晋以来，历经北魏、北周、隋、唐、宋(西夏)、元、明、清、民国到现在有1600多年的历史，它是省历史悠久、艺术价值很高的文物古迹之一。马蹄寺石窟的独特之处在于千佛洞有500多个摩崖佛塔窟龛，规模宠大，是体验草原游牧民族独特的生活方式和文化特色。