黄沙古渡在明代时期更加繁盛。明代翰林玉家屏，曾把这里的盛况写进他的《中路宁河台记》一文中。宁河台是明代为了保护这个渡口畅通无阻而修筑的戍台。台高5.5丈，上面建亭3楹，四面建成厢房。台外有一道城墙，周长90余丈，高2.4丈。城墙四面各有重门。管理渡口的官员和保卫渡口的士兵，都住在宁河台上。当时宁夏地处边防前沿，属明代“九边”之一，《中路宁河台记》指出：“横城之津危，则灵州之道梗。灵州之道梗，则内郡之输挽不得方轨而北上，而宁夏急矣!”这说明了黄沙古渡在军事、交通上的重要性。前人曾对黄沙古渡繁忙有所描述：“河流东下自昆仑，浊流排山晓拍津。来往行人喧渡口，只因名利少闲身。”黄沙古渡周围的黄沙与绿野，烽火台与万里长城，黄河与渡船，滩渚与芳草，戍卒与渡客，构成了一幅独特景色的塞外风光。
黄沙古渡自魏晋南北朝时期，就把它当作黄河水运的重要港口。自北魏开辟黄河水运以后，历史兴盛不衰，唐代的朔方军镇设在灵州，所需军粮经常由北都(山西太原)购买，然后溯河而上，运到灵州。唐高祖李渊为防御突厥，曾下令在灵州置水师，派大将于筠到江南召募船匠来灵州造船，在黄河上建立起我国第一支舰队，黄沙古渡一时又变成了军港。唐朝还建立六城水运匣，专门管理今宁夏、内蒙古一带的黄河水运业。元代科学家、水利专家郭守敬建议宁夏黄河通漕运，元世祖忽必烈，采纳他的建议，同时还下令建立应理州(中卫县)到内蒙古东胜的水驿，沿河设立驿站10个，有驿船66艘。清代康熙皇帝于1688年亲征噶尔丹，派左都御史于成龙在宁夏调运军粮，征集船只103艘。康熙及随从陆路来宁夏，返京时则从黄沙古渡乘船走水路，共用船只101艘，其中还有一艘“楼船”，康熙途中作诗一首：历尽边山再渡河，沙平岸阔水无波。汤汤南去劳疏筑，唯此分渠利赖多。以此描述黄沙古渡的繁忙景象以及在交通上的重要地位。黄沙古渡自古以来是宁夏水运的重要港口。