公司与公司合同纠纷发生后应该采取协商、调解、仲裁、诉讼方式处理。当事人自愿的,可以依法进行协商和调解;协商或者调解不成,合同中约定了仲裁条款或当事人事后达成仲裁协议的,可以申请仲裁;符合法定条件的,可以向人民法院起诉。【法律依据】《民事诉讼法》第一百一十九条起诉必须符合下列条件:(一)原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;(二)有明确的被告;(三)有具体的诉讼请求和事实、理由;(四)属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。