法律分析：首先，带着：门诊病历、住院病历、出院小结、医疗明细、各种单据，回投保地医保中心报销。新农合都是先自费住院的。其次，住院当天(办住院手续的时侯如果没带户口本和农合本的话，可以先告诉医生或者窗口，尽快给补上就可以)，他们要在电脑上登记的。之后出院就可以去报销了。参合农民发生意外伤害，在市内新农合定点医疗机构住院治疗的，患者本人或家属在三天内提出意外伤害书面补偿申请，并说明受伤原因及经过，连同相关资料送交医院新农合结算处登记备查。最后，医院新农合结算处对意外伤害住院患者进行现场调查和初步核实，符合新农合报销范围的在《登记表》和“补偿申请”上签署意见并盖章。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第五条 县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。”第八十三条规定，“个人对社会保险经办机构不依法办理社会保险登记、核定社会保险费、支付社会保险待遇、办理社会保险转移接续手续或者侵害其他社会保险权益的行为，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。