没收取保候审保证金由县级以上的执行机关进行决定。法律明确规定，没收保证金的决定、退还保证金的决定、对保证人的罚款决定等，应当由县级以上执行机关作出，同时明确规定公安机关、人民检察院、人民法院决定取保候审的，由公安机关执行。国家安全机关决定取保候审的，以及人民检察院、人民法院在办理国家安全机关移送的犯罪案件时决定取保候审的，由国家安全机关执行。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部关于取保候审若干问题的规定》
第二条 对犯罪嫌疑人、被告人取保候审的，由公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法院根据案件的具体情况依法作出决定。
公安机关、人民检察院、人民法院决定取保候审的，由公安机关执行。国家安全机关决定取保候审的，以及人民检察院、人民法院在办理国家安全机关移送的犯罪案件时决定取保候审的，由国家安全机关执行。
第六条 取保候审保证金由县级以上执行机关统一收取和管理。没收保证金的决定、退还保证金的决定、对保证人的罚款决定等，应当由县级以上执行机关作出。