合作医疗余额查询主要有三种方法：1.定点医院或药店查询：在买药或挂号时，出示医保卡或身份证即可查询合作医疗账户余额。2.社保局查询：带上医保卡或身份证前往当地社保局网站，即可查询合作医疗账户余额。3.网站查询：在合作医疗网站输入身份证号、社保卡号或医保卡号即可查询。合作医疗报销进度查询也有三种方法：1.拨打12333查询；2.前往当地卫生局查询；3.网上查询。需要注意的是，不同地区的合作医疗查询网址可能不同，需根据实际情况进行选择。