补缴住房公积金的手续是：单位填写住房公积金补缴书和住房公积金补缴清册，加盖预留的财务印鉴；到公积金管理中心进行补缴登记，报住房公积金管理委员会批准；到银行窗口存款，在住房公积金补缴书加盖银行收讫印鉴。
《住房公积金管理条例》第二十条单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理中心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。