补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，两者的基本特征是相同的，都是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有;补充住房公积金属于非强制性缴纳的社会保障项目。企业根据自身的业绩和管理需要可以自主决定是否替员工缴纳补充住房公积金。
补充公积金和公积金的区别
1、强制性的区别：住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的;
2、缴纳范围的区别：补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工可以参加补充住房公积金;
3、缴纳比例的区别：住房公积金的缴存比例为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的限制，而补充住房公积金单位和个人的缴存比例，分别在不大于各9%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限限制。
公积金与补充公积金的使用
1、对首次购买普通自住房，且有两个人及以上参与公积金贷款额度的借款家庭，每户家庭最高公积金贷款额度限额仍为60万元;
2、若有补充住房公积金的，每户家庭最高公积金贷款额度限额仍为80万元;
3、只有一个人贷款的家庭，最高公积金贷款额度限额仍为30万元;
4、若有补充住房公积金的，最高公积金贷款额度限额仍为40万元;
5、对人均住房面积低于本市平均水平，再次贷款购买第二套普通自住房，且有两个人及以上参与贷款的借款家庭，每户家庭最高贷款限额为40万元;
6、若有补充住房公积金的，每户家庭最高贷款限额为60万元;只有一个人贷款的家庭，最高贷款限额为20万元;
7、若有补充住房公积金的，最高贷款限额为30万元。对投资投机性购房，从紧掌握住房公积金贷款政策。
法律依据：《住房公积金管理条例》第十四条
新设立的单位应当自设立之日起30日内向住房公积金管理中心办理住房公积金缴存登记，并自登记之日起20日内，为本单位职工办理住房公积金账户设立手续。
单位合并、分立、撤销、解散或者破产的，应当自发生上述情况之日起30日内由原单位或者清算组织向住房公积金管理中心办理变更登记或者注销登记，并自办妥变更登记或者注销登记之日起20日内，为本单位职工办理住房公积金账户转移或者封存手续。
第十五条
单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。
单位与职工终止劳动关系的，单位应当自劳动关系终止之日起30日内向住房公积金管理中心办理变更登记，并办理职工住房公积金账户转移或者封存手续。