特许经营合同的期限一般较长，在合同有效期内如出现一些意外情况，双方约定可以提前终止合同。如某特许经营合同规定本合同在下列条件下自动终止：
1、乙方或加盟店遭受严重亏损而无力或不可能继续经营;
2、乙方或加盟店破产、无偿还能力或开展清算程序;
3、乙方财产的主要部分被法院强制执行;
4、乙方解散。
关于纠纷的解决需要注意的是：特许经营合同的履行是一个长期的过程，出现纠纷是很正常的事情。特许双方的利益既有对立的一面，也有统一的一面。因此一旦纠纷出现，双方应该彼此真诚的交换意见，尽量通过协商解决纠纷，这样对双方都有利。如协商不成，可通过诉讼或仲裁解决。如某特许经营合同规定：“在本合同执行过程中，双方如有意见分歧，应协商解决。协商不成时，任何一方均可申请xx仲裁委员会仲裁。该裁决为终局裁决，对双方均有法律约束力。
(一)特许经营合同的性质判断
1、特许经营合同的基本特征
我国《商业特许经营管理条例》(以下简称《特许条例》〉第3条规定，特许经营是指拥有注册商标、企业标志、专利、专有技术等经营资源的企业，以合同形式将其拥有的经营资源许-可其他经营者使用，被特许人按照合同约定在统一的经营模式下开展经营，并向特许人支付特许经营费用的经营活动。综合上述三种定义，特许经营合同区别于其他合同的基本特征如下：
(1)特许人拥有(包括所有和控制)特许经营权或称特许权。其核心一般体现在知识产权上，如注册商标、企业标志、专有技术或者专利技术、商业秘密等。
(2)特许人将上述特许权整体许-可被特许人使用。即不是就单个知识产权进行交易，而必须是将复合特许权整体交易。特许权许-可的过程中，必然发生特许人对被特许人的经营进行管理和控制，即要求被特许人按照统一经营模式进行经营的问题。因此，特许权包括许-可权和管理权。
(3)特许人收取特许权使用费。特许经营合同属于有偿性合同。特许人有权向被特许人收取相应的特许权使用费。
2、合同性质应当依照合同本身约定的权利义务来判断
(1)除非有反证，合同约定的权利义务视为当事人最终确认的真实意思表示，应以此作为判断合同性质的依据。
(2)不能以合同中未约定特许经营费用条款否定特许经营性质。被特许人取得特许权应当支付相应的对价，这种对价的规范名称应当是特许权使用费。实际订立的合同中要求被特许人支付的费用名目繁多，包括特许经营费、特许代理费、加盟费、品牌使用费、品牌权益金、参股保险金、押金、货款、盈利提成等，约40%的合同中仅约定了保证金、保险金、押金、货款、盈利提成等。此时，特许人经常抗辩称，合同中未约定被特许人应支付特许经营费用，不符合特许经营合同的特征，故涉案合同不属于特许经营合同。