犯罪嫌疑人在检察院认罪认罚后仍会被起诉,只要是其犯罪情节严重,需要依法追究其刑事责任的,检察院会依法提起公诉,但是犯罪嫌疑人存在法定的不起诉事由除外。比如:犯罪嫌疑人犯罪情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的。
《刑事诉讼法》
第十六条
有下列情形之一的,不追究刑事责任,已经追究的,应当撤销案件,或者不起诉,或者终止审理,或者宣告无罪:
(一)情节显著轻微、危害不大,不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪,没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
第一百七十五条第四款
对于二次补充侦查的案件,人民检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,应当作出不起诉的决定。
《刑事诉讼法》
第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者有本法第十六条规定的情形之一的,人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的,人民检察院可以作出不起诉决定。