合同变更协议书当然要用合同编号。
合同的编号主要是为了方便管理与查找，而给合同设定的，与合同内容没有任何的关系，不影响合同的法律效力。
一、合同生效的要件是什么
1、当事人有相应的民事权利能力和民事行为能力；
2、合同内容不违反法律规定；
3、当事人意思表示真实。
根据2021年生效的《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十四条规定，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
第一百五十五条规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。
二、合同变更后的法律效力如何
合同变更后的法律效力大致如下：
1、《民法典》第五百四十三条规定：“当事人协商一致，可以变更合同。”有效成立的合同在尚未履行或未履行完毕之前，经合同当事人协商一致，可以对合同内容进行变更。
2、合同变更主要是指合同标的物的数量或质量、规格、价金数额或计算方法、履行时间、履行地点、履行方式等合同内容的某一项或数项发生变化（如标的物数量变化，价款也随之变化）。
3、合同变更的实质在于使变更后的合同代替原合同。因此，合同变更后，当事人应按变更后的合同内容履行。合同变更原则上向将来发生效力，未变更的权利义务继续有效，已经履行的债务不因合同的变更而失去合法性。合同的变更不影响当事人要求赔偿的权利。原则上，提出变更的一方当事人对对方当事人因合同变更所受损失应负赔偿责任。