犯罪性质和危害程度不同。公诉案件中犯罪行为一般来说比较严重，社会危害性较大；自诉案件犯罪行为多数不甚严重，对社会的危害性也比较小。
当事人的诉讼权利不完全相同。自诉案件的被告人及其法定代理人在诉讼过程中有权提起反诉；而公诉案件的被告人及其法定代理人不能就案件事实本身对司法人员提出反诉；自诉人有权提出上诉，享有独立的上诉权；而公诉案件的被害人没有独立的上诉权，只能请求人民检察院提起抗诉。
当事人行使诉讼权利的时间不同。公诉案件自案件移送审查起诉之日起，犯罪嫌疑人有权委托辩护人；而自诉案件的被告人随时有权委托辩护人。
举证责任不同。自诉人承担完全的举证责任；公诉案件的举证责任完全由公诉机关承担。
刑罚处罚的轻重不同。自诉案件，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制；而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。
一、公诉案件庭前审查程序
所谓公诉案件，亦即刑事公诉案件，是指由各级检察机关依照法律相关规定，代表国家追究被告人的刑事责任而提起诉讼的案件。根据《刑事诉讼法》第150条和《法院解释》的有关规定，庭前审查应当审查下列内容：
1、案件是否属于本院管辖；
2、起诉书指控的被告人的身份、实施犯罪的时间、地点、手段、犯罪事实、危害后果和罪名以及其他可能影响定罪量刑的情节等是否明确；
3、起诉书中是否载明被告人被采取强制措施的种类、羁押地点、是否在案以及有无扣押、冻结在案的被告人的财物及存放地点；是否列明被害人的姓名、住址、通讯处，为保护被害人而不宜列明的，应当单独移送被害人名单；
4、是否附有起诉前收集的证据的目录；
5、是否附有能够证明指控犯罪行为性质、情节等内容的主要证据复印件或者照片。＂主要证据＂包括：
（1）起诉书中涉及的《刑事诉讼法》第42条规定的证据种类中的主要证据；
（2）同种类多个证据中被确定为主要证据的；如果某一种类证据中只有一个证据，该证据即为主要证据；
（3）作为法定量刑情节的自首、立功、累犯、中止、未遂、防卫过当等证据；
6、是否附有起诉前提供了证言的证人名单；证人名单应当分别列明出庭作证和拟不出庭作证的证人的姓名、性别、年龄、职业、住址和通讯处；
7、已委托辩护人、代理人的，是否附有辩护人、代理人的姓名、住址、通讯处明确的名单；
8、提起附带民事诉讼的，是否附有相关证据材料；
9、侦查、起诉程序的各种法律手续和诉讼文书复印件是否完备；
10、有无《刑事诉讼法》第15条第2至第6项规定的不应追究刑事责任的情形。
二、庭前审查是实质审查吗
庭前审查是属于形式审查，而不是实质审查。如果采取实质审查，就等于法院已经对案件的实质问题进行了判断，得出了结论，那就没有开庭审理的必要了，反正法官已经有了判断，直接判决就行了，这样会严重损害当事人的诉讼权利。