一、增值税
增值税的纳税人可以划分成两类，一类是一般纳税人，一类是小规模纳税人。二者区分的标准为：工业企业，销售额超过50万；商业企业，销售额要超过80万。营改增的试点企业目前标准是500万。
（1）销项
私募证券投资基金的主要业务可能就是买卖股票、债券，或者是买卖金融商品这样的一些业务，交税是按照营改增【2016】36号文的规定，它属于金融服务下面的金融商品转让服务的税目。
根据36号文附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第十五条，资管产品适用的增值税税率为6%。资管产品运营过程中发生的增值税应税行为，以资管产品管理人为增值税纳税人，按照现行规定缴纳增值税。
金融商品转让按照文件规定，是指转让一些外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。
那对于私募证券投资基金来说，金融商品买卖的计税方法是按照卖出价扣除买入价之后的余额作为销售额。转让金融商品出现的一个正负差，按照盈亏相抵后的余额作为销售额。如果说相抵之后是正差，我们就按照规定缴纳增值税，按照正差除以1.06，再乘以6%，按照这样的计算方式。如果是负差，就转入下一纳税期间，与下一纳税期间的金融商品的销售额相抵。但是，年末的负差，是不能转入下一会计年度的。
金融商品的买入价可以选择按照加权平均法，或者移动加权平均进行核算，但是选择之后36个月之内不能变更，并且金融商品转让不得开具增值税专用发票。以上就是私募证券投资基金买卖股票、债券的增值税的计算方法，这个方法其实和原来营业税的计税方法差不多，只是按照增值税原则做了一些调整。
（2）股权投资基金的销项
营改增之后，对于一些企业的股权转让是否征收增值税现在其实没有明文规定。之前在营业税的时候，财税【2002】191号文件里面明确的规定对股权转让是不征收营业税的。
如果股权是通过新三板进转让，它即具有了金融商品属性，可以按照金融商品转让的增值税目来征收增值税。
（3）进项
私募股权投资和私募证券投资的进项部分差别不大。购买固定资产、购买的办公楼等、办公用品，办公场所，水电费，以及法律、会计，或者是税务、咨询服务的购买，均属于进项范围。可以取得增值税专用发票，抵扣进项税额。
4、契约型基金的增值税
契约型基金在税法上采用的是纳税主体征税原则。由于契约型基金是多方通过基金合同的形式组成，不确认它为纳税主体，所以，按照目前的政策来讲，不缴纳增值税。但不包括管理人和投资者。
二、所得税
1、公司型的基金所得税
按照《企业所得税法》来缴纳企业所得税，和一般的公司缴税的方式一样，不再赘述。
2、合伙制基金所得税
根据财税【2008】159号文的规定，合伙企业是以每一个合伙人作为一个纳税义务人，合伙企业合伙人是自然人的是缴纳个人所得税，如果合伙人是法人和其他组织的缴纳企业所得税。合伙企业生产经营所得和其他所得采取“先分后税“的原则。
前款所称的生产经营所得和其他所得，包括合伙企业分配给所有合伙人的所得和企业当年留存的所得。如果分配了一部分，那对于尚未分配的，当年留存的部分也要申报相关所得税。
具体计算方法大家可以看参看财税【2000】91号和财税【2008】65号文件。
三、基金管理人的税务处理
基金管理人可能是公司制的，也有可能是合伙制的，也有可能是个人。管理人主要的业务收入可能包括投资分红、管理费，管理费按照一般惯例按照募集金额的2%来收取，还有一部分是超额分成收入，通常按照超额的20%进行提取。此外，可能还有一些咨询收入。
1、所得税
管理人如果是公司，则按前述方法缴纳企业所得税。
如果是合伙企业，那就是按照“先分后税”原则，把所得按照合伙企业每年做一个汇算清缴，把类似的利润实际分配，或者没有实际分配的划到合伙人一方，合伙人直接交税。
注意：个人作为管理人取得分红如何交税？
全国各个地方的规定不统一，国家税务总局未明确规定，基本上有两种缴税方式，
一种是按照20%，股息红利，或者投资收益这样来交所得税。
二是按照生产经营所得，就是按照个体工商户的5%到35%的税率来缴纳个人所得税。
2、增值税
作为一个基金的管理人，主要收入为募集总金额2%的管理费。对于公司和合伙，需要缴纳增值税，一般纳税人按照6%，小规模纳税人按照3%。个人作为管理人，统一按照小规模纳税人3%来缴纳增值税。
咨询收入按照6%，或者是小规模3%的比例来缴纳增值税。
另外一块比较重要的收入：收益分成，按照增值部分的20%提取。