法律分析：保险公司赔偿。因为自然条件导致厂区内大量涌进水，这种不可抗拒的事情最好还是走保险。
法律依据：《中华人民共和国保险法》
第五条 保险活动当事人行使权利、履行义务应当遵循诚实信用原则。
第十条 保险合同是投保人与保险人约定保险权利义务关系的协议。投保人是指与保险人订立保险合同，并按照合同约定负有支付保险费义务的人。保险人是指与投保人订立保险合同，并按照合同约定承担赔偿或者给付保险金责任的保险公司。