法律分析：公司在判断员工是否故意犯罪时需要考虑多种因素，包括员工的行为动机、过程、结果等。如果员工在业务操作中违反了法律法规并损害了公司利益，公司应该根据相关规定采取相应的处理措施。
法律依据：
1.《劳动法》第四十四条 员工有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（三）严重违反用人单位的规章制度；
2.《刑法》第二百三十一条 违反国家规定，拒不执行法律、行政法规，给国家、集体或者他人造成重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
3.《企业内部管理规定》第十三条 员工在岗位上，如有以下情形之一，属于故意犯罪行为，应即予开除：
（一）盗窃、抢劫、骗取财物或者其他财务违规行为；
（二）违反国家法律法规的行为，造成重大损失的；
（三）涉嫌犯罪、被司法机关立案调查的。
综上所述，公司在判断员工是否故意犯罪时应该综合考虑员工的行为动机、过程、结果等因素，并参照相关法律法规和企业内部管理规定采取相应的处理措施。