苹果酸奶减肥法是很苛刻严格的减肥方法，进食品种单一，而且限制饮水，因此对健康是有一定影响的。长期坚持该方法减肥会出现以下副作用。
刺激肠胃引起反酸
在苹果酸奶减肥法执行期间，每天会吃5-7个苹果，或者喝800-1000毫升酸奶。我们都知道苹果含鞣酸较多，而酸奶中有大量活性益生菌，这两种食物空腹吃都会刺激胃酸分泌，如果食用量过大就会引起恶心反酸。
导致四肢无力
人体的基础代谢需要碳水化合物、蛋白质和脂肪提供能量，在减肥期间只能吃苹果和酸奶，机体不能获取足够的能量维持正常的活动，就会出现四肢无力，头晕眼花，甚至反应迟钝的现象了。
体重反弹快
苹果酸奶减肥法减掉的大多数是身体水分，真正减脂特别少。复食后身体迅速吸水，体重反弹很快。
引起月经不调
女性偶尔一次短期2天苹果酸奶减肥法对健康影响不大，但是要想达到较理想的减肥效果，通常需要周期循环减肥。而长期进食单一的水果和酸奶，容易气血不足，内分泌紊乱，进而引起月经量少、月经推迟。