慢性咳嗽的病因多种多样，可同时由于几种疾病引起。多原因的咳嗽42%为3种疾病。主要为咳嗽变异型哮喘（CVA），鼻后滴流综合症（鼻炎/鼻窦炎）(PNDs），嗜酸粒细胞性支气管炎（EB），胃食道返流（GERC），感冒后咳嗽，慢性支气管炎，结核，高血压药ACEI诱发咳嗽，心理性咳嗽等等。
咳嗽变异型哮喘
咳嗽变异型哮喘是一种特殊类型的哮喘，咳嗽是唯一临床表现，具有气道高反应性阳性。治疗以应用支气管扩张剂或与激素联用为主。
鼻后滴流综合症鼻后滴流综合症由于鼻咽喉部的疾病引起鼻后和喉咽部有较多分泌物黏附，甚至反流入声门或气管导致咳嗽。由它引起的咳嗽主要以鼻炎的治疗为主，如抗组胺剂和减充血剂合剂，鼻吸入糖皮质激素，细菌性鼻窦炎应用抗生素等。
胃食管返流性胃食管返流性引起的咳嗽多以直立位出现，而夜间咳嗽相对较少，患者可能伴有反酸等症状，作24小时食道PH监测Demeester积分增高可以诊断。治疗可给予制酸药和促胃动力药等。
感冒后咳嗽感冒后咳嗽是感冒相关症状消失后的持续性咳嗽，胸部X线检查未见异常，肺功能正常，可以短期应用中枢镇咳药，或抗过敏药物。
高血压药高血压药也会引起慢性咳嗽，主要是血管紧张素转换醚抑制剂(ACEI)诱导的咳嗽，约占服用药物的10%-20% ，停药后即可缓解，但再服还会复发。