肝囊肿和肝脓肿不是同一个病。
肝囊肿是肝脏的一种良性疾病，分为寄生虫性（如肝棘球坳病）和非寄生虫性肝囊肿。非寄生虫性肝囊肿可分为先天性、创伤性、炎症性和肿瘤性囊肿。其中最常见的是先天性肝囊肿。
肝脓肿多是肝脏被细菌或阿米巴原虫（一种寄生虫）感染后，发生局部组织破坏、化脓的感染性疾病。其中细菌性肝脓肿是最常见的，而阿米巴感染发生的脓肿也不是肝囊肿。