（1）一般治疗：注意休息、饮食卫生，清淡无刺激性食物为主。
（2）抗感染治疗：根据粪便培养结果选择适当的抗生素治疗（前面提到的抗生素引起腹泻极其少见，只有个别病例报道可引起腹泻，如林可霉素，药物引起的腹泻一般持续时间较短，停药后即可恢复；但感染性腹泻由各种病原菌感染引起，需使用抗生素才能治愈，所以仍需使用抗生素治疗），喹诺酮类适合志贺菌属、沙门菌、大肠杆菌等致病菌；甲硝唑或万古霉素适合艰难梭菌感染；甲硝唑、替硝唑适合阿米巴痢疾感染；单纯病毒性腹泻不用抗生素。
（3）纠正电解质紊乱及脱水：根据病情口服或静脉补液，电解质紊乱的患者及时补充钾、钠、氯等离子，部分病情较重，无法进食、长期腹泻的患者需要补充维生素、氨基酸、脂肪乳等营养物质。
（4）胃肠道粘膜保护药：硫糖铝、双八面体蒙脱石（思密达）。
（5）微生态制剂：双歧杆菌等，可以调节肠道菌群，有利于尽快恢复胃肠道功能。