天然防腐剂有精蛋白，蜂胶，壳聚糖，茶多酚。天然防腐剂也称天然有机防腐剂，是由生物体分泌或者体内存在的具有抑菌作用的物质，经人工提取或者加工而成为食品防腐剂。此类防腐剂为天然物质，有的本身就是食品的组分，故对人体无毒害，并能增进食品的风味品质，因而是一类有发展前景的食品防腐剂。如酒精，有机酸，甲壳素和壳聚糖，某些细菌分泌的抗菌素等都能对食品起到一定的防腐保藏作用。
1、大蒜提取物
大蒜含蒜氨酸，大蒜辣素和大蒜新素，其中大蒜辣素和大蒜新素是大蒜中的主要抗菌成份。后者抗细菌的效力为前者的50%。大蒜辣素的抗菌基理可能是其分子中的氧原子与细菌中半胱氨酸结合使之不能转变为胱氨酸，从而影响细菌体内的重要氧化还原反应的进行，大蒜对多种球菌，霉菌有明显的抑制和杀菌作用。
2、连翘提取物
连翘提取物对多种革兰氏阳性菌、阴性菌均有抑制作用，能有效延长食品的保质期，其抗菌成分主要是连翘酚，在日本，连翘提取物早已作为一种天然防腐剂广泛应用于食品保鲜。
3、紫苏叶提取物
紫苏叶蒸馏物有广谱抗菌作用，主要有效成份为紫苏醛和柠檬醛，对金黄色葡萄球菌，乙型链球菌，白喉杆菌，炭俎杆菌，绿脓杆菌，枯草杆菌等有明显抑制作用，紫苏叶油对接种和自然污染的霉菌酵母也有明显抑制作用。
4、果胶
果胶分解物在酸性环境中也具有抗菌作用，主要是平均聚合度在3～5的聚半乳糖醛酸及半乳糖醛酸，其抗菌性受pH影响，pH6.0以下抗菌性强，pH>6.0抗菌性低，一般在食品中添加量为0.1%～0.3%，它主要应用于汉堡包、汤面、奶油蛋糕和泡菜等。