公积金还贷是从联名卡里扣除。公积金贷款只有第一个月还款是先扣卡上的钱，由于银行划定是要往还款卡里存够一个月的扣款金额，以便第一个月扣款。以后都是先从公积金账户余额划到公积金联名卡里扣款的，公积金余额不足再从还款卡里补扣，直到扣完当月还款额为止。
要是配合贷款，则优先扣除了主贷人公积金账户、银行卡，不足再挨次扣次贷人公积金账户、银行卡。
1、选择合适的还款方式
选择合适的贷款方式可以帮助借款人省下不少利息，所以一定要注意。逐月还贷的方式没有太大的还贷压力，但在整个还贷期间，借款人所要偿还的利息并没有减少，因此比较适合希望减轻月还款压力的人。逐年还贷的方式无法减少借款人每个月的还贷压力，但是可以减少贷款利息的支出，加快还贷的速度，所以比较适合希望减少贷款利息支出的人。
2、变更公积金还贷方式
如果借款人觉得现今的还贷方式并不适合自己，那就不要勉强，借款人可以向贷款银行申请办理变更还贷方式。借款人需要提交申请，并填写《提取住房公积金归还住房贷款委托变更书》，但需要注意的是，还贷方式的变更必须在原委托或变更委托满一年以后才能办理。
3、在借款最初一年内不要提前还款
根据公积金贷款的相关规定表示，如果借款人想要办理提前还贷业务，前提必须是贷款时间已经满一年，并且提前还款的金额应该多于六个月的还款金额。所以，如果借款人的贷款时间不到一年，或者是手头资金不够充足的话，那就不要在一年内办理提前还贷业务。