大产权房的房产证由国家颁发，被国家认可和接受；可以自由出售；用地是由政府划拨或者转让的，销售对象可以是任何人。小产权房的房产证由乡镇政府颁发或者没有任何的房产证明，也没有产权，是不受法律保护。而且小产权房只具备了普通商品房的使用性质，购买者也不能合法转让过户。
1、缺少五证：在双方买卖交易的过程中，购房者一般都需要查审一下开发商的五证，而这五证即具备国有土地使用证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证及商品房销预售许可证。如果没有五证是不能办理不动产权证的，也就不受法律的保护了。
2、拆迁难补偿：尽管小产权房的价格非常便宜，然而有钱人看到它还是要远远避之，由于小产权房除了不能办理不动产权证外，那些便宜房实际上属于在政府规定范围以外的违章建筑，如果和国家的规划相冲突，还很有可能被拆除，而且业主也不会得到拆迁安置补偿。
3、质量难保证：在买房的市场中，之所以会有小产权房和商品房之分，就是因为小产权房的房屋质量没人监督，一些开发商为赚钱会偷工减料，存在安全隐患。这类房屋一般由土地所在村开发，除了房屋质量和房屋售后保修难以保证以外，入住后的物业管理也极容易出现问题。
4、小产权房不能抵押或者上市转卖：小产权房是不能办理不动产权证的，正是因为没有正规的产权证，所以小产权房不能上市专卖。因此，购房者在购买小产权房一定要这点：购买小产权房是不能上市专卖的。
5、小产权房不能抵押贷款：由于现在房价高企，因此大多数人都是通过贷款来买房的，然而，大家需要知道的一点就是：小产权房不能在房地产管理部门登记备案，所以不可以办理抵押等他项权利，没有他项权利就相当于没有合法的质押物抵押到银行，银行贷款就无法批复。