办理组合贷款，等于要办理一次公积金贷款和一次商贷，准备材料较多，手续繁琐，且贷款资金需在办理完产权过户，并完成抵押登记后才能发放并划入卖方账户，需2至3个月。从“组合贷”的操作流程看，贷款时间过长，卖方不愿意。
公积金与商贷均收取担保费，还有额度不等的评估费。另外借款人若通过中介公司或者贷款服务机构办理，还需支付服务佣金。如此，组合贷比纯公积金贷款或商业贷款的手续费多。
借款人申请组合贷款后，商业贷款的部分会在央行个人征信系统中留档，假设购房者想再次买房，将算作二套房。如果直接使用公积金贷款买房，只要借款人将首套房的贷款还清了，再次申请公积金贷款买房，仍按首套房的标准放贷。另外，组合贷款的办理手续比较复杂，借款人需等贷。
组合贷的弊端在于借款人置业升级换房时会受到二套房政策的“牵连”。组合贷中，商贷部分会在央行的征信系统中留档，置业升级时会被认定为二套。而住房使用公积金贷款还清后卖掉，再次用公积金贷款还将会算做首套住房，按优惠政策执行。
组合贷一般是在个人贷款超过当地规定的公积金贷款的上限才使用的。当公积金贷款额度不足的时候，可以向受委托办理公积金贷款的经办银行申请组合贷款，将公积金贷款和商业贷款同时使用，这样可以避免纯商贷的高利率。
我们在买房子的时候，都会选择不同的贷款方式。组合贷款是指符合个人住房商业性贷款条件的借款人又同时缴存住房公积金的，在办理个人住房商业贷款的同时还可以申请个人住房公积金贷款。即借款人以所购本市城镇自住住房(或其他银行认可的担保方式)作为抵押可同时向银行申请个人住房公积金贷款和个人住房商业性贷款。