有公积金贷款并不影响办理商业贷款，只要贷款人能够满足办理贷款的条件。比如办理贷款的前置需求、征信、收入水平等。满足这些条件之后就可以正常办理贷款了，如果是买房的话考虑到已经办理过公积金贷款了，再办商业贷款会被当做二套房执行。
1、贷款对象有区别
住房公积金贷款的对象为缴存住房公积金的职工，只有你缴纳了公积金才能选择住房公积金贷款。而商业贷款属于个人住房贷款，面向所有人群，只要满足银行的贷款条件，一般都可以贷款成功。
2、贷款利率有区别
因为公积金贷款不是以盈利为目的的政策性贷款，所以它的利率相对较低，5年以上房贷利率是3.25%。而商业贷款不同，它是以盈利为目的，利率相对较高，5年以上的基准利率为4.9%，而且不同地区的不同银行还会进行调整。在房贷额度相同的情况下，公积金贷款能节省更多的利息。
3、贷款房屋类型有区别
公积金贷款只能用于购买70年产权的住宅时使用，除此之外的商办房等类型的房屋是不能申请公积金贷款的。而商业贷款能购买的房屋类型则较为宽松，除了住宅以外，公寓也是可以的。所以大家在贷款买房前，一定要了解清楚自己所购买的房屋属于那种类型。
4、比例有区别
一般来说，如果商业贷款和公积金贷款购置同样的一套房子，那么商业贷款的首套房子只可以贷到70%，而纯公积金贷款的首套最多可贷款到80%。
5、贷款来源有区别
住房公积金贷款的主要资金来源是缴费者缴纳的住房公积金，贷款产生的利息有规定的用途，一般只能用于保障性住房建设。而商业贷款主要是商业银行放贷，目的是为了盈利，利息归属相关的银行投资人。
6、贷款流程和审批时间有区别
商业贷款一般是在购房者办理过户之前审核贷款，审批时间大约是20个工作日，主要审核机构是银行，即决定权在银行;而住房公积金贷款一般是在办理过户之后审核贷款，审批时间大约是40个工作日，并且需要通过住房公积金管理中心审批，决定权在住房公积金管理中心，银行只是执行机构。