经过了增压后，发动机在工作时的压力和温度都大大升高，机械性能、润滑性能也受到影响，因此涡轮增压内燃机的寿命会比同样排量的非增压发动机要短一些。
为了保证增压发动机在较高的机械负荷和热负荷条件下能可靠耐久地工作，必须在发动机主要热力参数的选取、结构设计、材料、工艺等方面做必要的改变，而不是简单地在发动机上装一个增压器就行了。由于这个改变过程在实行中难度颇大，而且还要考虑增压器与发动机的匹配问题，因此也限制了涡轮增压技术在发动机上的应用。
涡轮增压发动机有一个让追求及时性车主不能容忍的缺点是动力输出反应滞后。从踩下油门到叶轮高速转动将更多空气压进发动机之间，存在一个时间差，而且这个时间还不短。一般经过改良的涡轮也要至少2秒左右来增加或者减少进气的压力。
各大涡轮增压厂家都在对涡轮增压装置进行升级，但是由于结构性的原因，涡轮增压的汽车驾驶起来的感觉和大排量的汽车还是有一定的差异的。因此，如果要追求激烈驾驶的感觉的话，涡轮增压的引擎其实并不适合。
涡轮并不是随时都在启动的，事实上经常在城市内行驶，日常行车中涡轮增压的启动机会很少，没有涡轮增压的启动，1.8T的汽车还不如一部1.8的车，因为没有启动的涡轮对于进气甚至会有一些阻力作用。