南京员工离职社保终止办理方式：
线下办理：用人单位递交材料→社会保险(医疗保险)经办机构审核→返回办理结果。
线上渠道：用人单位经江苏省人力资源和社会保障网上办事服务大厅—社会保险—用人单位退工停保登记模块办理。
拓展阅读：南京职工参保办理要点
1.用人单位应当按实申报缴纳基数。我市五项社会保险采用统一的缴费基数，用人单位新招职工以起薪当月工资收入作为当年度缴费基数。工资性收入总额指用人单位直接支付给职工的劳动报酬总额，由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资等六部分组成。
根据在岗职工平均工资增长水平，我省每年度确定缴费基数上、下限标准。对职工工资收入超过缴费基数上限的，超过部分不计入缴费基数;对职工工资收入低于缴费基数下限的，按下限确定缴费基数。
2、用人单位与职工自签订劳动合同起始时间超过6个月以后办理参保的，另需办理社会保险费补缴手续。